SequenceAlignment

SequenceAlignment[s1,s2]
文字列あるいはリスト とリスト 中の一連の要素の選択的なアラインメントを求め,連続するマッチする文字列と異なる文字列を返す.

詳細とオプション詳細とオプション

  • SequenceAlignment[s1,s2]の形式のリストを返す.ただし,はマッチするセグメントを表す単一の文字列かリスト要素の連続 u間で異なるセグメントを表すペアのである.
  • SequenceAlignmentは,デフォルトで,完全な文字列またはリスト とリスト の大域的NeedlemanWunsch 配列を求める.
  • オプション設定をMethod->"Local"とすると,局所的SmithWaterman配列が求まる.
  • 十分によく似ている文字列またはリストの場合,局所的配列メソッドと大域的配列メソッドは同じ結果を返す.
  • 使用可能なオプション
  • GapPenalty0各アラインメントギャップの余分なコスト
    IgnoreCaseFalse文字列中の大文字小文字の違いを無視するかどうか
    MergeDifferencesTrue近接する差分を組み合せるかどうか
    Method"Global"使用するアラインメントアルゴリズム
    SimilarityRulesAutomatic要素間の類似性の規則
  • SequenceAlignmentは全体としての類似度スコアを最大化する配列を求めようとする.
  • デフォルト設定のSimilarityRules->Automaticでは,2つの要素間の各マッチは全体的な類似度スコアを1大きくし,ミスマッチ,挿入,削除はそれぞれスコアを1小さくする.
  • SimilarityRulesのノートで指摘されているように,さまざまな名前付き類似行列がサポートされている.

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類似した2つの文字列を大域的に整列させる:

In[1]:=
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Out[1]=

2本の文字列の大域的アラインメント:

In[1]:=
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Out[1]=

同じ文字列の局所的アラインメント:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
2008年に導入
(7.0)