SimilarityRules

SimilarityRules
SequenceAlignment等の関数のオプションで,要素ペア間で仮定する類似度スコアの規則のリストを与える.

詳細詳細

  • SimilarityRulesの設定値は{e1,e2}->v 形式の規則のリストを含まなければならない.ただし, eiは比較する要素,v はその類似性を与える.
  • eiは明示的な文字その他の要素でもよく,パターンでもよい.
  • {e,""}の規則は削除に関するスコアを与える.{"",e}の規則は挿入に関するスコアを与える.
  • SimilarityRules->Automaticは,事実上等しい要素ペアに+1,ミスマッチ,削除,挿入に-1を与えるSimilarityRules -> {{a_, a_} -> 1, {a_, b_} -> -1}に等しい.
  • SimilarityRulesの次の名前付き設定で,一般に特定の生物情報科学の目的で使われるさまざまな相似行列を実装する.
  • "BLAST"ヌクレオチド配列の配列
    "BLOSUM62"関連するアミノ酸配列の局所配列
    "BLOSUM80"相同配列の局所配列
    "PAM30"非常によく似たアミノ酸配列の大域的配列
    "PAM70"関連する配列の大域的配列
    "PAM250"非類似配列の大域的配列

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2つの文字列を最初の"X"で揃える:

In[1]:=
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Out[1]=

{"b","a"}置換を有効にして2番目の"X"で揃える:

In[2]:=
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Out[2]=

デフォルトの類似度スコアを使って2つの文字列の大域的類似度を得る:

In[1]:=
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Out[1]=

"b""X"がマッチとみなされるようにスコアを変える:

In[2]:=
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Out[2]=

"PAM70"類似度行列を使って関連性のあるタンパク質配列を整列させる:

In[1]:=
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Out[1]=
2008年に導入
(7.0)
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