SimilarityRules

SimilarityRules
是函数的一个选项,比如 SequenceAlignment,它给出假设元素对之间的相似度的规则列表.

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  • SimilarityRules 的设置必须包含形式为 的规则列表,其中 给出用来比较的元素,v 给出它们的相似分数.
  • 可以是明确的字符或其它元素、或者模式.
  • 的一个规则给出一个删除的分数; 的规则给出一个插入的分数.
  • SimilarityRules->Automatic 实际上等于, 对于任何的相等元素对,给出分数 ,对于任何不匹配、删除或插入,给出分数 .
  • SimilarityRules 的下列名称设置执行不同的相似矩阵,它通常用于特殊的生物信息学目的:
  • "BLAST"核苷酸序列的排列
    "BLOSUM62"相关的氨基酸本地排列
    "BLOSUM80"相似序列的局部排列
    "PAM30"非常相似的氨基酸序列的全局排列
    "PAM70"相关序列的全局排列
    "PAM250"不相似序列的全局排列

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基本范例  (3)基本范例  (3)

对齐两个字符串的第一个

In[1]:=
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Out[1]=

选择 替换的方法,按第二个 排列:

In[2]:=
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Out[2]=

用缺省的相似分数,得到两个字符串的全局相似度:

In[1]:=
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Out[1]=

改变分数,这样 被认为是匹配的:

In[2]:=
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Out[2]=

相似矩阵来全局对齐相关的蛋白质序列:

In[1]:=
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Out[1]=
2008年引入
(7.0)