Affymetrix (.cel.cdf.chp.gin.psi)

Affymetrixマイクロアレイデータ形式.
マイクロアレイデータとメタ情報の保管と交換に使われるファイル形式ファミリ.
ASCIIまたはバイナリ形式.
MAS,GCOS,およびコマンドコンソールアプリケーションのネイティブ形式.
CELファイルは各プローブの強度値のラスタを保管する.
CHPファイルはプローブセットについての処理されたデータを含む.
CDFファイルはどのプローブがどのプローブセットの一部なのかを記述する.
GINファイルは各プローブセットに関連付けられた遺伝子名を保管する.
PSIファイルはプローブセット名とプローブセット中のプローブ対の数を保管する.
  • ImportはAffymetrix CEL,CDF,CHP,GIN,PSI形式を完全にサポートする.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file"]は任意のAffymetrix CEL,CDF,CHP,GIN,またはPSIファイルからデータをインポートする.
  • Import["file",elem]は指定の要素をインポートする.
  • Import["file",{{elem1,elem2,}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポート形式はImport["file","Affymetrix"]またはImport["file",{"Affymetrix",elem,}]で指定できる.
  • Importについての一般的な情報は,関数ページを参照のこと.
  • ImportStringはAffymetrixファイル形式ファミリをサポートする.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"このファイルで利用できる要素とオプションのリスト
    "Rules"各要素とオプションの規則の完全リスト
    "Options"オプション,属性,設定の規則のリスト
  • 共通のデータを表す要素:
  • "Data"強度値(CEL),処理されたプローブセットデータ(CHP),またはプローブセットの記録(CDF,PSI,GIN)
    "ProbeSetNames"文字列のリスト形式のプローブセット名
  • CDF,PSI,あるいはGINからインポートする際,Import["file",{"Data",probesetname}]は指定のプローブセットに対応する記録を返す.
  • Importは全Affymetrixファイル形式に対してデフォルトで要素を使用する.
  • 共通のメタデータ要素:
  • "Header"規則のリストとして与えられるメタ情報
  • 内在するDAT画像ファイルについてのメタ情報を表す追加のCEL要素:
  • "PixelRange"各プローブ強度値に対応する画素数
    "DataErrors"強度値における誤差
    "Outliers"異常値であると考えられるプローブの座標のリスト
  • 追加のCDF要素:
  • "QCData"品質管理情報
  • 追加のCHP要素:
  • "DetectionStates"検出された遺伝子式状態で,値TrueFalseIndeterminateのリストとして与えられる
    "DetectionSignificances"各検出状態に対応する
    "ProbePairs"各プローブセットの中のプローブ対の数
    "ProbePairsUsed"検出状態の推測に使われるプローブ対の数
    "Alleles"検出された遺伝子型
    "ConfidenceValues"各遺伝子型の信頼値

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CELファイルから強度値のラスタをインポートしてプロットする:

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In[2]:=
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CELファイルから完全なヘッダ情報をインポートする:

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Out[3]=

CDFファイルから完全なヘッダ情報を読み取る:

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Out[1]=

プローブセット名の最初のいくつかをインポートする:

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プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする:

In[3]:=
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Out[3]=

プローブセット名,信号データ,検出状態をCHPファイルからインポートする:

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Out[1]=

GINファイルから完全なヘッダ情報を読み取る:

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Out[1]=

プローブセット名の最初のいくつかをインポートする:

In[2]:=
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Out[2]=

プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする:

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Out[3]=

PSIファイルからプローブセット名の最初のいくつかをインポートする:

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Out[1]=

プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする:

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異常値プローブの位置を示す:

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データから製造者の透かしを抽出し,画像として示す:

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Out[1]=
2010年に導入
(8.0)
| 2014年に修正
(10.0)