Affymetrix (.cel, .cdf, .chp, .gin, .psi)

  • Import 完全支持 Affymetrix CEL、CDF、CHP、GIN 和 PSI 格式.
  • 背景背景

      Affymetrix 微阵列数据格式.
      用于存储和交换微阵列数据与元信息的文件格式系列.
      ASCII 或二进制格式.
      MAS、GCOS 以及命令控制台应用程序的原始格式.
      CEL 文件存储专用探针强度值的光栅.
      CHP 文件包含关于探针集合的处理信息.
      CDF 文件描述哪个探针是哪个探针集合的一部分.
      GIN 文件存储与每个探针集合相关的基因名称.
      PSI 文件存储探针集合名称以及在探针集合中的探针对的数量.

    Import 与 ExportImport 与 Export

    • Import["file"] 从任何 Affymetrix CEL、CDF、CHP、GIN 或 PSI 文件中导入数据.
    • Import["file",elem] 导入指定的元素.
    • Import["file",{{elem1,elem2,}}] 导入多个元素.
    • 导入格式可以用 Import["file","Affymetrix"]Import["file",{"Affymetrix",elem,}] 指定.
    • Import 的完整信息请见参考页.
    • ImportString 支持 Affymetrix 文件格式系列.

    参数参数

    • Import 的通用参数:
    • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
      "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
      "Options"选项、属性和设置的规则列表
    • 表示常用数据的参数:
    • "Data"强度值(CEL),处理的探针集合数据(CHP)或探针集合记录(CDF、 PSI、GIN)
      "ProbeSetNames"字符串列表形式的探针集合
    • 当从 CDF、PSI 或 GIN 中导入,Import["file",{"Data",probesetname}] 返回的记录与指定的探针集合相对应.
    • 默认情况下,对所有 Affymetrix 文件格式,Import 使用 参数.
    • 常用元信息参数:
    • "Header"元信息以规则列表的形式给出
    • 其它 CEL 参数,表示关于基本的 DAT 图像文件的元信息:
    • "PixelRange"对应于每个探针强度值的像素数目
      "DataErrors"强度值中的错误
      "Outliers"被认为是离群的探针坐标列表
    • 其它 CDF 参数:
    • "QCData"质量控制信息
    • 其它 CHP 参数:
    • "DetectionStates"检测到的基因表达式状态,给出 TrueFalseIndeterminate 值的列表
      "DetectionSignificances"对应于每个检测状态的
      "ProbePairs"每个探针集合中的探针对数目
      "ProbePairsUsed"用于推断检测状态的探针对数目
      "Alleles"检测的基因类型
      "ConfidenceValues"每个基因类型检测的置信度

    范例范例打开所有单元关闭所有单元

    基本范例  (5)基本范例  (5)

    从一个 CEL 文件中导入和绘制强度值的光栅:

    In[1]:=
    Click for copyable input
    In[2]:=
    Click for copyable input

    从一个 CEL 文件导入完整的头信息:

    In[3]:=
    Click for copyable input
    Out[3]=

    从一个 CDF 文件读取完整的头信息:

    In[1]:=
    Click for copyable input
    Out[1]=

    导入首几个探针集合名字:

    In[2]:=
    Click for copyable input
    Out[2]=

    导入与探针集合名字相关的数据:

    In[3]:=
    Click for copyable input
    Out[3]=

    从一个 CHP 文件中导入探针集合名字,信号数据以及检测的状态:

    In[1]:=
    Click for copyable input
    Out[1]=

    从一个 GIN 文件中读取完整的头信息:

    In[1]:=
    Click for copyable input
    Out[1]=

    导入首几个探针集合名字:

    In[2]:=
    Click for copyable input
    Out[2]=

    导入与探针集合名字相关的数据:

    In[3]:=
    Click for copyable input
    Out[3]=

    从一个 PSI 文件中导入首几个探针集合名字:

    In[1]:=
    Click for copyable input
    Out[1]=

    导入与探针集合名字相关的数据:

    In[2]:=
    Click for copyable input
    Out[2]=
    2010年引入
    (8.0)
    | 2014年更新
    (10.0)
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