Affymetrix (.cel, .cdf, .chp, .gin, .psi)

  • Import 完全支持 Affymetrix CEL、CDF、CHP、GIN 和 PSI 格式.

背景背景

    Affymetrix 微阵列数据格式.
    用于存储和交换微阵列数据与元信息的文件格式系列.
    ASCII 或二进制格式.
    MAS、GCOS 以及命令控制台应用程序的原始格式.
    CEL 文件存储专用探针强度值的光栅.
    CHP 文件包含关于探针集合的处理信息.
    CDF 文件描述哪个探针是哪个探针集合的一部分.
    GIN 文件存储与每个探针集合相关的基因名称.
    PSI 文件存储探针集合名称以及在探针集合中的探针对的数量.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file"] 从任何 Affymetrix CEL、CDF、CHP、GIN 或 PSI 文件中导入数据.
  • Import["file",elem] 导入指定的元素.
  • Import["file",{{elem1,elem2,}}] 导入多个元素.
  • 导入格式可以用 Import["file","Affymetrix"]Import["file",{"Affymetrix",elem,}] 指定.
  • Import 的完整信息请见参考页.
  • ImportString 支持 Affymetrix 文件格式系列.

参数参数

  • Import 的通用参数:
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • 表示常用数据的参数:
  • "Data"强度值(CEL),处理的探针集合数据(CHP)或探针集合记录(CDF、 PSI、GIN)
    "ProbeSetNames"字符串列表形式的探针集合
  • 当从 CDF、PSI 或 GIN 中导入,Import["file",{"Data",probesetname}] 返回的记录与指定的探针集合相对应.
  • 默认情况下,对所有 Affymetrix 文件格式,Import 使用 参数.
  • 常用元信息参数:
  • "Header"元信息以规则列表的形式给出
  • 其它 CEL 参数,表示关于基本的 DAT 图像文件的元信息:
  • "PixelRange"对应于每个探针强度值的像素数目
    "DataErrors"强度值中的错误
    "Outliers"被认为是离群的探针坐标列表
  • 其它 CDF 参数:
  • "QCData"质量控制信息
  • 其它 CHP 参数:
  • "DetectionStates"检测到的基因表达式状态,给出 TrueFalseIndeterminate 值的列表
    "DetectionSignificances"对应于每个检测状态的
    "ProbePairs"每个探针集合中的探针对数目
    "ProbePairsUsed"用于推断检测状态的探针对数目
    "Alleles"检测的基因类型
    "ConfidenceValues"每个基因类型检测的置信度

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (5)基本范例  (5)

从一个 CEL 文件中导入和绘制强度值的光栅:

In[1]:=
Click for copyable input
In[2]:=
Click for copyable input

从一个 CEL 文件导入完整的头信息:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

从一个 CDF 文件读取完整的头信息:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

导入首几个探针集合名字:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

导入与探针集合名字相关的数据:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

从一个 CHP 文件中导入探针集合名字,信号数据以及检测的状态:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

从一个 GIN 文件中读取完整的头信息:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

导入首几个探针集合名字:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

导入与探针集合名字相关的数据:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

从一个 PSI 文件中导入首几个探针集合名字:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

导入与探针集合名字相关的数据:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
2010年引入
(8.0)
| 2014年更新
(10.0)