MMCIF (.cif)

  • Import 支持 mmCIF 格式的1.0版本.

背景背景

    MIME 类型:chemical/x-cif, chemical/x-mmcif
    三维分子模型文件.
    用于化学信息应用程序以及用于存储和交换分子模型的网页.
    常用作 PDB 格式的替代.
    mmCIF 是 Macromolecular Crystallographic Information File(大分子晶体学信息文件)的缩写.
    来自于 CIF 文件格式.
    纯文本格式.
    存储大生物分子,例如蛋白质与核酸等的结构信息.
    在1990与1997年间由国际晶体学联盟(International Union of Crystallography)开发.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.cif","MMCIF"] 读取一个 mmCIF 文件并返回分子的程式化渲染.
  • Wolfram 语言对高分子提供各种三维渲染样式.
  • Import["file.cif","MMCIF"] 返回一个 Graphics3D 对象.
  • Import["file.cif",{"MMCIF",elem}] 从 MMCIF 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.cif",{"MMCIF",elem,suba,subb,}] 导入一个子参数.
  • Import["file.cif",{"MMCIF"{elem1,elem2,}}] 导入多个参数.
  • Import 的完整信息请见参考页.
  • ImportString 支持 mmCIF 格式.

参数参数

  • Import 通用参数:
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • 图形参数:
  • "Graphics3D"mmCIF 文件渲染为一个 Graphics3D 对象
  • 默认情况下,对于 mmCIF 格式,Import 使用参数.
  • 表示数据的参数:
  • "Residues"以三个字母缩写数组表示的残基序列
    "Sequence"以字符串列表形式表示的残基序列
    "ResidueAtoms"残基原子列表
    "ResidueChainLabels"链标签列表
    "ResidueRoles"残基原子的功能角色
    "ResidueCoordinates"残基原子的三维坐标
    "Resolution"模型坐标的空间分辨率,以皮米为单位
    "AdditionalAtoms"不是链的成分的原子
    "AdditionalCoordinates"附加原子的三维坐标
    "AdditionalResidues"以三个字母缩写数组表示的附加残基序列
    "SecondaryStructure"描写一条链的大型结构的规则
    "VertexCoordinates"原子坐标,一般以皮米为单位
    "VertexTypes"构成分子的所有原子或基团,一般以化学元素缩写的列表形式表示
  • 当从 mmCIF 读取一个不完全的链,其缺少一个或多个残基,Wolfram 语言将以单个子链的序列表示它.
  • Wolfram 语言对氨基酸残基使用标准的 IUB/IUPAC.
  • 当导入一个用多个三维模型描述同样分子的 mmCIF 文件时,可以使用以下 Import 参数读取所有模型的几何形状:
  • "ResidueCoordinatesList"每个模型的残基坐标
    "AdditionalCoordinatesList"每个模型附加原子的三维坐标
    "VertexCoordinatesList"每个模型的原子坐标,一般以皮米为单位
  • 元信息参数:
  • "Authors"文件中引用的作者信息
    "DepositionDate"文件是什么时候加入数据库的
    "PDBClassification"文件头的 PDB 分类
    "PDBIDPDB 结构识别字符串
    "References"以规则列表形式给出的书目参考
    "Title"文档标题

选项选项

  • 通用渲染选项:
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体尺寸
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ColorFunctionAutomatic确定二级结构可视化颜色的函数
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 ViewPoint->Automatic,Wolfram 语言自动计算导入分子模型的最优观察角度.
  • 选择一个渲染样式:
  • "Rendering""Structure"指定可视化方法
  • 可能的设置为:
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Structure"蛋白质骨架的程式化渲染
    "Spacefilling"显示为重叠球的原子
    "Wireframe"以线渲染的的化学键

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (2)基本范例  (2)

导入一个 mmCIF 文件:

In[1]:=
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Out[1]=

显示所有可用 Import 参数的名称:

In[2]:=
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Out[2]=

从该 mmCIF 文件中读取参考信息:

In[3]:=
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Out[3]//TableForm=

以字符串形式导入氨基酸序列:

In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=

显示在样本文件中可用的 Import 参数:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
2008年引入
(7.0)