NEXUS (.nex, .nxs)

  • Import 可以从 NEXUS 文件中读取序列数据和距离矩阵.
  • Export 把序列数据转换成 NEXUS 格式.

背景背景

    NEXUS 演化文件格式.
    常用于存储和交换演化数据.
    可用于存储 DNA 和蛋白序列、分类群距离、对齐谱线和系统发生树.
    ASCII 格式.
    允许用户扩展.
    于20世纪90年代开发.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.nex"] 从一个 NEXUS 文件导入 DNA 或蛋白序列.
  • Export["file.nex",expr] 把一个序列或序列列表导出到 NEXUS 文件.
  • Import["file.nex"] 返回表示存储在文件中的序列的字符串列表.
  • Export["file.nex",str] 把表示 DNA 或蛋白序列的字母字符串导出到 NEXUS.
  • Export["file.nex",{str1,str2,}] 导出多个序列.
  • Import["file.nex",elem] 从一个 NEXUS 文件导入指定的参数.
  • Import["file.nex",{"elem","sub",}] 导入一个子参数.
  • Import["file.nex",{{elem1,elem2,}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file","NEXUS"]Import["file",{"NEXUS",elem,}] 指定.
  • Export["file.nex",expr,elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 NEXUS 文件.
  • Export["file.nex",{expr1,expr2,},{{elem1,elem2,}}] 把每一个 指定为相应的 .
  • Export["file.nex",expr,opt1->val1,] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.nex",{elem1->expr1,elem2->expr2,},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • ImportExport 的完整信息请见参考页.
  • ImportStringExportString 支持 NEXUS 格式.

参数参数

  • Import 的通用参数:
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • 表示数据的参数:
  • "DistanceMatrix"分类群距离,以数值矩阵形式表示
    "Sequence"字符串列表形式表示的序列
    "Taxa"分类群名称
  • 默认情况下,Import 使用参数.
  • 其他数据参数:
  • "Data"组合成一个列表的 参数
    "LabeledData"存储在文件中每个分类群和序列的规则列表
  • Wolfram 语言对于核酸和氨基酸使用标准的 IUB/IUPAC 缩写. "FASTA" 的详细信息请见参考页.

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (6)基本范例  (6)

从一个 NEXUS 文件中导入序列数据:

In[1]:=
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Out[1]=

以规则列表形式导入分类群的名称和序列数据:

In[1]:=
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Out[1]=

把 DNA 序列导出为 NEXUS 格式:

In[1]:=
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Out[1]=

导出一对具有明确分类群名称的 DNA 序列:

In[1]:=
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Out[1]=

返回存储在文件中的分类群名称以及距离矩阵:

In[1]:=
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Out[1]=

按对导入分类群名称和序列数据:

In[1]:=
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Out[1]=
2010年引入
(8.0)