SDF (.sdf)

  • ImportExportはSDF形式のバージョン2をサポートする.

予備知識予備知識

    MIMEタイプ:chemical/x-mdl-sdfMDL分子模型ファイル.
    3次元分子模型を保持したり交換したりするために,化学情報アプリケーションとWebで使用される.
    プレーンテキストの表形式.
    任意数の化合物を表す.
    原子座標,化学結合情報,そしてメタデータを保持する.
    Elsevier Molecular Design Limited (MDL)によって維持されている.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file.sdf"]は分子模型,あるいは構造図をSDFファイルからインポートする.
  • Export["file.sdf",expr]は分子模型の要素をSDFファイルにエキスポートする.
  • Import["file.sdf"]は,三次元分子模型を読み取る場合にはGraphics3Dオブジェクトを,分子の平面図をインポートする場合にはベクトルグラフィックスを返す.
  • Import["file.sdf",elem]は指定された要素をSDFファイルからインポートする.
  • Import["file.sdf",{elem,suba,subb,}]は子要素をインポートする.
  • Import["file.sdf",{{elem1,elem2,}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポートの形式はImport["file","SDF"]あるいはImport["file",{"SDF",elem,}]を使って指定することができる.
  • Export["file.sdf",expr,elem]expr が要素elem を指定するものとして扱って,SDFファイルを作成する.
  • Export["file.sdf",{expr1,expr2,},{{elem1,elem2,}}]はそれぞれの が対応する を指定するものとして扱う.
  • Export["file.sdf",expr,opt1->val1,]expr を指定された値を持つとされる指定されたオプション要素でエキスポートする.
  • Export["file.sdf",{elem1->expr1,elem2->expr2,},"Rules"]は規則を使ってエキスポートされるべき要素を指定する.
  • ImportExportについての一般的な情報は,関数ページを参照のこと.
  • ImportStringExportStringはSDF形式をサポートする.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Rules"それぞれの要素とオプションの規則の完全リスト
    "Options"オプション,属性,設定の規則のリスト
  • Graphics要素:
  • "Graphics3D"ファイルに保持されたすべての分子模型の3Dレンダリング
    "Graphics3D",nn 番目の分子の3Dレンダリング
    "StructureDiagram"すべての分子の2D構造式
  • Importはデフォルトで3D分子模型を含むSDFファイルに要素を,構造式にを使用する.
  • データ表現要素:
  • "EdgeRules"規則のリストのリストで与えられる,結合性データ
    "EdgeTypes"文字列のリストのリストとしての,結合の型
    "FormalCharges"で与えられる原子の電荷
    "MassNumbers"同位体の質量数
    "VertexCoordinates"二次元あるいは三次元の原子座標(通常ピコメーターで与えられる)
    "VertexTypes"分子を構成している原子あるいはグループすべて(通常,化学元素の省略形のリストとして与えられる)
  • Import["file.sdf","EdgeRules"]は規則のリストのリストとしてファイルに保持された化合物すべてについての結合性データを返す.
  • Export["file.sdf",{vertlist,coordlist},{{"VertexTypes","VertexCoordinates"}}]は原子の型と2Dあるいは3D座標の指定からSDFファイルを作成する.
  • メタ情報要素:
  • "Header"ファイル内に保持されたそれぞれの分子のヘッダ情報で,文字列のリストとして与えられる

オプションオプション

  • 一般的なImportオプション:
  • ImageSizeAutomatic表示するグラフィックス全体の大きさを指定する
    BackgroundWhite使用する背景色を指定する
    ViewPointAutomatic三次元模型を見る空間内の視点
  • デフォルト設定"ViewPoint"->Automaticを使うと,Wolfram言語はインポートされた分子配列を見るのに最適な角度を自動的に計算する.
  • 3Dのレンダリングスタイルを選択する:
  • "Rendering""BallAndStick"可視化メソッドを指定する
  • で使用可能な設定には以下のものがある:
  • "BallAndStick"原子と結合を玉と棒を使った模型で表示する
    "Spacefilling"重なり合っている球体として表示された原子
    "Wireframe"線として描画された結合

例題例題すべて開くすべて閉じる

  (1)  (1)

SDFファイルで使用可能なImport要素を表示する:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

すべての分子をインポートし,構造図として描画する:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

2つ目の分子をファイルから構造図としてインポートする:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

このファイルの第2の化合物のメタ情報をインポートする:

In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=

以下ではファイルに保持されているすべての構造図について原子の型とその2次元座標を返す:

In[5]:=
Click for copyable input
Out[5]=

以下は前の出力からSDFファイルを作成する:

In[6]:=
Click for copyable input
Out[6]=
2008年に導入
(7.0)