SDF (.sdf)

背景背景

    MIME 类型:chemical/x-mdl-sdfMDL 分子模型文件.
    用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页.
    纯文本表格格式.
    表示化合物的一个任意数.
    存储原子坐标、化学键信息和元数据.
    由 Elsevier Molecular Design Limited (MDL) 维护.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.sdf"] 从一个 SDF 文件中导入分子模型或结构图.
  • Export["file.sdf",expr] 把分子模型的参数导出到 SDF 文件.
  • Import["file.sdf"] 当读取一个三维分子模型时,给出一个 Graphics3D 对象;当导入一个分子的平面表示时给出矢量图形.
  • Import["file.sdf",elem] 从一个 SDF 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.sdf",{elem,suba,subb,}] 导入一个子参数.
  • Import["file.sdf",{{elem1,elem2,}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file","SDF"]Import["file",{"SDF",elem,}] 指定.
  • Export["file.sdf",expr,elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 SDF 文件.
  • Export["file.sdf",{expr1,expr2,},{{elem1,elem2,}}] 把每一个 指定为相应的 .
  • Export["file.sdf",expr,opt1->val1,] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.sdf",{elem1->expr1,elem2->expr2,},"Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • ImportExport 的完整信息请见参考页.
  • ImportStringExportString 支持 SDF 格式.

参数参数

  • Import 的通用参数:
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • Graphics 参数:
  • "Graphics3D"存储在文件中的所有分子模型的三维渲染
    "Graphics3D",nn 个分子的三维渲染
    "StructureDiagram"所有分子的二维结构公式
  • 默认情况下,Import 对于包括三维分子模型的 SDF 文件,使用参数,对于结构公式使用.
  • 表示数据的参数:
  • "EdgeRules"连接数据,以规则列表的列表形式给出
    "EdgeTypes"化学键类型,以字符串的列表的列表形式给出
    "FormalCharges"给出的原子电荷
    "MassNumbers"同位素质量数
    "VertexCoordinates"二维或三维原子坐标,一般以皮米为单位
    "VertexTypes"所有组成分子的原子或基团,一般以化学元素的缩写列表表示
  • Import["file.sdf","EdgeRules"] 以规则列表的列表给出存储在文件中所有化合物的连接数据.
  • Export["file.sdf",{vertlist,coordlist},{{"VertexTypes","VertexCoordinates"}}] 从原子类型规范以及二维或三维坐标中创建一个 SDF 文件.
  • 元信息参数:
  • "Header"存储在文件中的每个分子的头信息,以字符串的列表形式表示

选项选项

  • Import 的通用选项:
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体大小
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 ViewPoint->Automatic,Wolfram 语言会自动计算导入分子几何形状的最优观察角度.
  • 选择一个三维渲染样式:
  • "Rendering""BallAndStick"指定可视化方法
  • 的可能设置为:
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Spacefilling"显示为叠加球的原子
    "Wireframe"以线渲染的的化学键

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例  (1)基本范例  (1)

显示 SDF 文件中可用的 Import 参数:

In[1]:=
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Out[1]=

导入所有分子并把它们渲染为结构图:

In[2]:=
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Out[2]=

以结构图形式从文件中导入第二个分子:

In[3]:=
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Out[3]=

导入文件中第二个化合物的元信息:

In[4]:=
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Out[4]=

以下给出存在文件中所有结构图的原子类型和二维坐标:

In[5]:=
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Out[5]=

从上面输出创建一个 SDF 文件:

In[6]:=
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Out[6]=
2008年引入
(7.0)