Import/Export フォーマット

MOL (.mol)

Mime type: chemical/x-mdl-molfile
MDL分子モデルファイル．
3D分子モデルの格納と交換のために化学情報(cheminformatics)アプリケーションとWebで使われている．
プレーンテキスト表形式．
単一の化合物を表す．
原子の座標，化学結合の情報とメタデータを格納している．
Elsevier Molecular Design Limited (MDL)によって管理されている．

ImportはMOL形式バージョン2.0および3.0を読み込む．

Exportはバージョン2.0のMOLファイルを作成する．

IMPORTとEXPORT

Import["file.mol"]はMOLファイルから分子モデルまたは構造ダイアグラムをインポートする．

Export["file.mol", expr]では分子モデルの要素をMOLファイルにエキスポートする．

Import["file.mol"]は3D分子モデルを読む場合は Graphics3Dオブジェクトを返し，分子の2Dでの表記をインポートする場合はベクトルグラフィックスを返す．

Import["file.mol", elem]はMOLファイルより指定された要素をインポートする．

Import["file.mol", {elem, sub_a, sub_b, ...}]は子要素をインポートする．

Import["file.mol", {{elem₁, elem₂, ...}}]は複数の要素をインポートする．

インポート形式は Import["file", "MOL"]またはImport["file", {"MOL", elem, ...}]と指定できる．

Export["file.mol", expr, elem]はexpr が要素，elem を指定するものとして扱うことにより，MOLファイルを作成する．

Export["file.mol", {expr₁, expr₂, ...}, {{elem₁, elem₂, ...}}]では，それぞれのexpr_i が対応するelem_iを指定するものとして扱われる．

Export["file.mol", expr, opt₁->val₁, ...]はexpr を特別の値を持つオプションが指定されたものとしてエキスポートする．

Export["file.mol", {elem₁->expr₁, elem₂->expr₂, ...}, "Rules"]は規則を使い，エキスポートされる要素を指定する．

ImportとExportについての一般的な情報は，関数ページを参照のこと．

ImportStringとExportStringはMOL形式をサポートしている．

要素

一般的なImport要素：

	"Elements"	ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
	"Rules"	要素とオプションのそれぞれの規則のリスト
	"Options"	オプション，属性，設定の規則

グラフィックス要素：

	"Graphics3D"	分子モデルの3D描画
	"StructureDiagram"	2D構造式

Importはデフォルトで3D分子模型を含む3D MOLファイルに"Graphics3D"要素を使い，"StructureDiagram"を構造式に使う．

データを表現する要素：

	"EdgeRules"	規則のリストとして与えられる結合データ
	"EdgeTypes"	文字列リストとして与えられる結合のタイプ
	"FormalCharges"	"VertexTypes" 与えられている原子の電荷
	"VertexCoordinates"	2Dまたは3Dの原子の座標（通常，ピコメーターで与えられている）
	"VertexTypes"	通常，元素の省略形で与えられる分子を攻勢するすべての原子またはグループ

Export["file.mol", {vert, coord}, {{"VertexTypes", "VertexCoordinates"}}]は原子タイプとそれの2Dまたは3D座標値の指定からMOLファイルを作成する．

メタ情報要素：

"Header"

このファイルからのヘッダ情報

オプション

一般的なImport要素：

ImageSize	Automatic	表示するグラフィックスの全体的なサイズ
Background	White	使われる背景色
ViewPoint	Automatic	3Dモデルを見る視点

デフォルト設定の"ViewPoint"->Automaticでは Mathematica はインポートされた分子の位置関係に基づき，最も相応しい視点の角度を計算する．

3Dレンダリングスタイルを選択する：

"Rendering"

"BallAndStick"

視覚化のメソッドの指定

"Rendering"の可能な設定：

	"BallAndStick"	原子と結合をボールと棒(bonds as a ball-and-stick)モデルで表示
	"Spacefilling"	原子は重なり合う球として表示
	"Wireframe"	結合は線として描画