システム構成

Mathematica はモジュール型のシステム構成を取っている．計算を実行するカーネルと呼ばれるモジュールと，ユーザインターフェースを司るフロントエンドと呼ばれるモジュールから構成される．

このような設計は，一体型のシステムより多くの利点がある．例えば，Mathematica フロントエンドは高度なグラフィックス機能を備えたローカルのコンピュータで実行し，Mathematica カーネルはより高速のリモートコンピュータで実行することができる．また，1つのフロントエンドから複数のカーネルを実行することも可能である．

Mathematica で最もよく使われるインターフェースは，ノートブックと呼ばれるインタラクティブなドキュメントである．ノートブックを使うことで，Mathematica の入出力に文章，グラフィックス，パレットを加えることが可能になる．ノートブックは，継続した計算を行うことはもとより，計算結果を発表用にまとめたり，出版用の論文を作成するために使ったりすることもできる．

この他によく使われるMathematica インターフェースには，テキストベースのインターフェースや MathLink インターフェースがある．

Mathematica の重要な側面のひとつに，ユーザとの対話処理だけでなく他のプログラムとの対話ができることがある．これは主にMathLink と呼ばれる，外部プログラムとMathematica カーネルとの間の双方向通信のために標準化されたプロトコルによって行われる．

MathLink に互換なプログラムが数多く存在するが，中にはMathematica の完全なフロントエンドとして動作するものもある．このようなフロントエンドはよく独自のユーザインターフェースを備えており，Mathematica カーネルを組込み型の計算エンジンとして使うようになっている．