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GenomeData

GenomeData["gene"]
参照人类基因组，给出指定基因的 DNA 序列。
GenomeData["gene", "property"]
给出人类基因 gene 的指定属性值。
GenomeData[{"chr", {n1, n2}}]
在涉及人类基因的染色体 chr 上，给出坐标 n1 到 n2 的序列。
  • 基因可以通过诸如 "BRCA1" 的标准名称指定。
  • 人类染色体可以用 "Chromosome1"、"ChromosomeX"、"Mitochondrion"　等或整数 1 到 22、"X"、"Y" 和 "MT"　的方式指定。
  • GenomeData[{{"chr", +1}, {n1, n2}}] 给出染色体顶链上坐标　n1 到 n2 的序列 5' 到序列 3'。序列坐标的测量和顶链的5' 端相关。
  • GenomeData[{{"chr", -1}, {m1, m2}}] 给出染色体底链上坐标 m1 到 m2 的序列 5' 到序列 3'。序列坐标的测量和底链的5' 端相关。
  • 基因序列属性包括：
"FullSequence"基因的完全序列
"FullSequencePosition"基因的起始坐标和末端坐标
"SequenceLength"基本对基因的长度
  • 基因坐标属性包括：
"Chromosome"基因所在的染色体
"LocusList"列表形式基因座
"LocusString"字符串形式的基因座
"Orientation"向前 (5' 到 3') 向后 (3' to 5') 如 +1 或 -1
  • 蛋白质和转录属性包括：
"CodingSequenceLists"基因的编码列表
"CodingSequencePositions"每个编码序列的区域坐标列表
"CodingSequences"基因编码序列的变形
"ExonSequences"基因外显子的列表
"IntronSequences"基因内含子的列表
"ProteinNames"根据基因编码的蛋白质名称
"UTRSequences"基因未转换终端区域的序列列表
  • 功能属性包括：
"BiologicalProcesses"与基因产生相关的生物过程
"CellularComponents"找到基因产物的细胞组件
"InteractingGenes"基因和本身或它的产物的交互作用
"MolecularFunctions"基因产物的细胞函数
  • 基因识别属性包括：
"AlternateNames"同义词
"GenBankIndices"GenBank 指针数字字符串
"GeneID"GeneID 数字字符串
"GeneOntologyIDs"Gene Ontology ID 字符串
"MIMNumbers"在 Man 指针的数字字符串的 Mendelian 遗传
"Name"普通英文名称
"NCBIAccessions"NCBI accession 字符串
"ProteinGenBankIndices"蛋白质产物的 GenBank 指针数字字符串
"ProteinNCBIAccessions"蛋白质产物的 NCBI accession 字符串
"StandardName"标准 Mathematica 名称
"TranscriptGenBankIndices"RNA 产物的 GenBank 指针数字字符串
"TranscriptNCBIAccessions"RNA 产物的 NCBI accession 字符串
"UniProtAccessions"UniProt accession 字符串
  • 染色体的整体属性包括：
"SequenceLength"基本对染色体的长度
"UnsequencedPositions"未知序列的起始坐标和末端坐标
  • 与染色体链相关的属性包括：
"GBandLocusStrings"G-带基因座的名称
"GBandScaledPositions"缩放所有 G-带的起始坐标和末端坐标
"GBandStainingCodes"所有 G-带细胞着色代码
"GBandStainingLevels"与所有 Ｇ-带的着色层相关
  • GenomeData[gene, "prop", "ann"] 给出与属性相关的各种注解。通常注解包括：
"Name"普通的 English 名称
"StandardName"标准 Mathematica 名称
"Units"给出值的单位
范例关闭所有单元
例   (5)
按人类基因，给出一个基因的完全 DNA 序列：
In[1]:=
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Out[1]//Short=
In[2]:=
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Out[2]=
 
一个染色体的部分 DNA 序列：
In[1]:=
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Out[1]=
 
染色体的基因列表：
In[1]:=
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Out[1]//Short=
 
基因所在染色体的 Mathematica 标准名称：
In[1]:=
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Out[1]=
 
一个基因的染色体坐标：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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