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GenomeLookup

GenomeLookup["seq"]
ヒトゲノム参照におけるDNA配列 seq と完全にマッチする位置を返す．
GenomeLookup["seq", n]
最高で n 個のマッチを返す．
  • 配列はA，T，G，C またはA，U，G，Cを含む文字列として表される．
  • GenomeLookup["seq"]が返す位置は{{"chr", strand}, {p1, p2}}の形式で与えられる．ただし，"chr"は"chr"は染色体指定，+1あるいはストランド，-1はp1と p2は始まりと終りの位置である．
  • ヒト染色体は"Chromosome1"，"ChromosomeX"，"Mitochondrion"等で指定される．
  • 塩基は指定されたストランドの5'から3'の方向で番号を付けられる．
  • GenomeLookup[spec, "Count"]は完全なマッチの数を返す．
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例   (3)
ヒトゲノム上のDNA配列の一部の位置を求める：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
マッチする数を得る：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
最初の10個のマッチを得る：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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