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Mathematica > 計算可能なデータ > 科学・技術データ >

ProteinData

ProteinData["prot"]
タンパク質 prot の参照核酸配列を与える.
ProteinData["prot", "property"]
タンパク質 prot の指定された特性の値を返す.
  • タンパク質は"TRPM1"のように標準的な名前で指定される.
  • ProteinData[]はすべての参照ヒトタンパク質のリストを返す.
  • タンパク質配列は標準的な一文字のアミノ酸コードとして表示される.
  • 基本特性:
"MolecularWeight"総分子量(ダルトン)
  • タンパク質の配列特性:
"DNACodingSequence"タンパク質の塩基対配列コード
"DNACodingSequenceLength"タンパク質の塩基対配列コードの長さ
"Gene"タンパク質にコードされている遺伝子
"Sequence"タンパク質のアミノ酸配列
"SequenceLength"タンパク質のアミノ酸配列の長さ
  • タンパク質の配列はもとのDNA配列には明示的にエンコードされていない追加的な要素を含むことがある.
  • 残基に基づいた分子構造特性:
"DihedralAngles"二面角の角度 Phi, Psi, Omega のリスト(ラジアン)
"SecondaryStructureRules"螺線,シート等の構造の開始位置と終了位置を与える規則のリスト
  • 個々の原子に基づいた分子構造特性:
"AdditionalAtomPositions"追加的原子の3D座標のリスト
"AdditionalAtomTypes"追加的原子の要素記号のリスト
"AtomPositions"タンパク質原子の3D座標のリスト
"AtomRoles"タンパク質原子の構造的役割のリスト
"AtomTypes"タンパク質原子の要素記号のリスト
"GyrationRadius"旋回半径
"MoleculePlot"3D分子構造プロット
  • 距離はピコメートルで測られる.
  • ProteinData["prot", "prop", grouping]はさまざまなグループ化での分子構造特性を与える.
{}グループ化は行わない
"Chain"鎖でグループ化する
"Residue"残基でグループ化する
{g1,g2,...}グループ化の基準のリスト
  • 構造内の鎖に関連した特性:
"ChainLabels"3D鎖状構造の識別子のリスト
"ChainSequences"3D鎖状構造のアミノ酸配列のリスト
  • タンパク質の共通領域特性:
"DomainIDs"領域のNCBI CDD番号
"DomainPositions"タンパク質配列における領域の位置
"Domains"タンパク質における領域の名前
  • 機能特性:
"BiologicalProcesses"タンパク質に関連する生体内作用
"CellularComponents"タンパク質が見付かる細胞成分
"MolecularFunctions"タンパク質製品の分子機能
  • タンパク質認識特性:
"AlternateNames"代替的な従来の名前
"GeneID"タンパク質遺伝子のGeneID番号配列
"Name"標準名
"NCBIAccessions"NCBI受入れ配列
"PDBIDList"PDB ID配列
"PrimaryPDBID"構造特性等のために Mathematica 内で選ばれたPDB ID
"StandardName"標準的な Mathematica
  • ProteinData["prot", "prop", "Units"] は特定の特性値の単位を与える.
ヒトタンパク質のリストを得る:
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]//Short=
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
 
リボン図を表示する:
In[1]:=
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Out[1]=
 
タンパク質のアミノ酸配列を得る:
In[1]:=
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Out[1]=
 
タンパク質の分子量を得る:
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
タンパク質配列中のアミノ酸の数を得る:
In[1]:=
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Out[1]=
 
3Dタンパク質配列中の原子の座標を得る:
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]//Short=
バージョン 7 の新機能
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