Mathematica 9 is now available
SEARCH MATHEMATICA 8 DOCUMENTATION
THIS IS DOCUMENTATION FOR AN OBSOLETE PRODUCT.
SEE THE DOCUMENTATION CENTER FOR THE LATEST INFORMATION.
Mathematica > コアとなる言語 > 文字列操作 > 配列アラインメントと比較 >
Mathematica 組込みシンボル関連項目 »|その他 »

SequenceAlignment

SequenceAlignment[s1, s2]
文字列あるいはリスト s1とリスト s2中の一連の要素の選択的なアラインメントを求め，連続するマッチする文字列と異なる文字列を返す．
  • SequenceAlignment[s1, s2]は{seg1, seg2, ...}の形式のリストを返す．ただし，segiはマッチするセグメントを表す単一の文字列かリスト要素の連続 u， si間で異なるセグメントを表すペアの{u1, u2}である．
  • SequenceAlignmentは，デフォルトで，完全な文字列またはリスト s1とリスト s2の大域的Needleman-Wunsch 配列を求める．
  • オプション設定をMethod->"Local"とすると，局所的Smith-Waterman配列が求まる．
  • 十分によく似ている文字列またはリストの場合，局所的配列メソッドと大域的配列メソッドは同じ結果を返す．
  • 使用可能なオプション：
GapPenalty0各アラインメントギャップの余分なコスト
IgnoreCaseFalse文字列中の大文字小文字の違いを無視するかどうか
MergeDifferencesTrue近接する差分を組み合せるかどうか
Method"Global"使用するアラインメントアルゴリズム
SimilarityRulesAutomatic要素間の類似性の規則
  • SequenceAlignmentは全体としての類似度スコアを最大化する配列を求めようとする．
  • デフォルト設定のSimilarityRules->Automaticでは，2つの要素間の各マッチは全体的な類似度スコアを1 大きくし，ミスマッチ，挿入，削除はそれぞれスコアに1小さくする．
  • SimilarityRulesのノートで指摘されているように，さまざまな名前付き類似行列がサポートされている．
例題すべて閉じる
例   (2)
類似した2つの文字列を大域的に整列させる：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
2本の文字列の大域的アラインメント：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
同じ文字列の局所的アラインメント：
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
バージョン 7 の新機能
Ask a question about this page  |  Suggest an improvement  |  Leave a message for the team