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SimilarityRules

SimilarityRules
函数选项，诸如 SequenceAlignment，它给出假设元素对之间的相似度的列表规则。
  • SimilarityRules 的设置必须包含形式为 {e1, e2}->v 的规则列表，其中 ei 给出元素比较，v 给出它们的相似分数。
  • ei 可以是明确的字符或其它元素、模式。
  • {e, ""} 的规则给出一个删除的分数； {"", e} 的规则给出一个插入的分数。
  • SimilarityRules->Automatic 实际上等于SimilarityRules -> {{a_, a_} -> 1, {a_, b_} -> -1}， 对于任何的相等元素对，给出分数 +1，对于任何不匹配，、删除或插入，给出分数 -1。
  • SimilarityRules 的下列名称设置执行不同的相似矩阵，它通常用于特殊的生物信息学目的：
"BLAST"核苷酸序列的排列
"BLOSUM62"相关的氨基酸本地排列
"BLOSUM80"相似序列的局部排列
"PAM30"非常相似的氨基酸序列的全局排列
"PAM70"相关序列的全局排列
"PAM250"不相似序列的全局排列
范例关闭所有单元
例   (3)
排列两个字符串的第一个 "X"：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
选择 {"b", "a"} 替换的方法，按第二个 "X" 排列：
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
 
用缺省的相似分数，得到两个字符串的全局相似度：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
改变分数，这样 "b" 和 "X" 被认为是匹配的：
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
 
用 "PAM70" 相似矩阵来全局对齐相关的蛋白质序列：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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