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Mathematica > データの操作 > インポートとエキスポート >
Import/Export フォーマット

GenBank (.gb，.gbk，.gp)

MIMEタイプ：chemical/seq-na-genbank
GenBank分子生物学形式．
U.S. NCBI（National Center for Biotechnology Information；全米バイオテクノロジー情報センター）データベースのネイティブ形式．
注釈付きDNA配列の保管と交換のための標準形式．
テキスト形式．
1982年にNIH GenBankプロジェクトの一部として開発された．
  • ImportはGenBankファイル形式の全バージョンをサポートする．
IMPORTとEXPORT
  • Import["file.gb"]はDNA配列あるいはタンパク質配列をGenBankファイルからインポートする．
  • Import["file.gb"] はファイル内に保持された配列を表す文字列を返す．
  • Import["file.gb", elem]は指定された要素をGenBankファイルからインポートする．
  • Import["file.gb", {elem, suba, subb, ...}]は子要素をインポートする．
  • Import["file.gb", {{elem1, elem2, ...}}]は複数の要素をインポートする．
  • インポートの形式はImport["file", "GenBank"] あるいはImport["file", {"GenBank", elem, ...}]で指定することができる．
  • ImportとExportについての完全な一般情報は関数ページを参照のこと．
要素
"Elements"ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
"Rules"それぞれの要素とオプションの規則の完全リスト
"Options"オプション，属性，設定の規則のリスト
  • データを表現する要素：
"Features"すべての処理注釈情報（規則のリストとして与えられる）
"Sequence"文字列としてのDNA配列あるいはタンパク質配列
"Plaintext"フォーマットされたテキストとしての配列
"Reference"関連する参考文献のリスト
"Comment"配列に関するさまざまなコメント
  • Importは"Sequence"要素をデフォルトでGenBank形式に使う．
  • メタ情報要素：
"Locus"ローカスの記述
"Definition"GenBankファイルタイトル
"NCBIAccession"NCBI Accession Number
"NCBIAccessionVersion"バージョン付きNCBI Accession Number
"Accession"配列についての主要受入番号
"GenBankID"GenBankデータベース識別子
"Project"解読計画の名前
"Keywords"キーワードのリスト
"Organism"ファイルで参照されているSource Organism
"Segment"配列セグメント（複数のGenBankファイルに分割されている場合）
"Source"由来生物
"Reference"書誌参照（規則のリストとして与えられる）
"Comments"ファイルに保持されたコメント（文字列のリストとして与えられる）
オプション
例題すべて閉じる
例
以下はサンプルのGenBankファイルで使用可能な要素を返す：
Out[1]=
 
ファイルタイトル：
In[1]:=
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Out[1]=
 
基本的なローカス情報：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
Source Organismについての情報をインポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
Accession NumberとGenBank IDを抽出する：
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
DNA配列の最初の文字を読み取る：
In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=
 
列のテキストバージョンをインポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]//Short=
 
参考文献のリストを読み込み，最初の項目を抽出する：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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