Mathematica の統合されたアーキテクチャは極めて拡張しやすいので，別のシステムやプログラムと接続することが可能である．MathLink の通信プロトコルは，ほとんどの場合透過的に操作できるので，これを使って，Mathematica の計算力を別のシステムやプログラミング言語と統合させることができる．