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ProteinData

ProteinData
タンパク質 prot の参照核酸配列を与える．
ProteinData
タンパク質 prot の指定された特性の値を返す．
詳細
  • タンパク質はのように標準的な名前で指定される．
  • ProteinDataはすべての参照ヒトタンパク質のリストを返す．
  • タンパク質配列は標準的な一文字のアミノ酸コードとして表示される．
  • 基本特性：
"MolecularWeight"総分子量（ダルトン）
  • タンパク質の配列特性：
"DNACodingSequence"タンパク質の塩基対配列コード
"DNACodingSequenceLength"タンパク質の塩基対配列コードの長さ
"Gene"タンパク質にコードされている遺伝子
"Sequence"タンパク質のアミノ酸配列
"SequenceLength"タンパク質のアミノ酸配列の長さ
  • タンパク質の配列はもとのDNA配列には明示的にエンコードされていない追加的な要素を含むことがある．
  • 残基に基づいた分子構造特性：
"DihedralAngles"二面角の角度, , のリスト（ラジアン）
"SecondaryStructureRules"螺線，シート等の構造の開始位置と終了位置を与える規則のリスト
  • 個々の原子に基づいた分子構造特性：
"AdditionalAtomPositions"追加的原子の3D座標のリスト
"AdditionalAtomTypes"追加的原子の要素記号のリスト
"AtomPositions"タンパク質原子の3D座標のリスト
"AtomRoles"タンパク質原子の構造的役割のリスト
"AtomTypes"タンパク質原子の要素記号のリスト
"GyrationRadius"旋回半径
"MoleculePlot"3D分子構造プロット
  • 距離はピコメートルで測られる．
  • ProteinDataはさまざまなグループ化での分子構造特性を与える．
{}グループ化は行わない
"Chain"鎖でグループ化する
"Residue"残基でグループ化する
{g1,g2,...}グループ化の基準のリスト
  • 構造内の鎖に関連した特性：
"ChainLabels"3D鎖状構造の識別子のリスト
"ChainSequences"3D鎖状構造のアミノ酸配列のリスト
  • タンパク質の共通領域特性：
"DomainIDs"領域のNCBI CDD番号
"DomainPositions"タンパク質配列における領域の位置
"Domains"タンパク質における領域の名前
  • 機能特性：
"BiologicalProcesses"タンパク質に関連する生体内作用
"CellularComponents"タンパク質が見付かる細胞成分
"MolecularFunctions"タンパク質製品の分子機能
  • タンパク質認識特性：
"AlternateNames"代替的な従来の名前
"GeneID"タンパク質遺伝子のGeneID番号配列
"Name"標準名
"NCBIAccessions"NCBI受入れ配列
"PDBIDList"PDB ID配列
"PrimaryPDBID"構造特性等のために Mathematica 内で選ばれたPDB ID
"StandardName"標準的な Mathematica 名
  • ProteinData は特定の特性値の単位を与える．
例題すべて閉じる
例   (6)
ヒトタンパク質のリストを得る：
リボン図を表示する：
タンパク質のアミノ酸配列を得る：
タンパク質の分子量を得る：
タンパク質配列中のアミノ酸の数を得る：
3Dタンパク質配列中の原子の座標を得る：
ヒトタンパク質のリストを得る：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]//Short=
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
 
リボン図を表示する：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
タンパク質のアミノ酸配列を得る：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
タンパク質の分子量を得る：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
タンパク質配列中のアミノ酸の数を得る：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
3Dタンパク質配列中の原子の座標を得る：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]//Short=
スコープ   (10)
タンパク質名のリストを得る：
タンパク質の英語名を求める：
タンパク質の種類のリストを求める：
DNA結合に関連するタンパク質の種類を求める：
DNA結合に含まれるタンパク質のリストを得る：
属するタンパク質群のリストを得る：
タンパク質がある種類に属しているかどうか判定する：
タンパク質のリボン図をプロットする：
タンパク質構造中の各原子の3D座標を得る：
対応する原子のタイプを得る：
原子の座標を残基によってグループ化する：
鎖によってグループ化する：
鎖と残基によってグループ化する：
特定の残基の原子のタイプを得る：
各残基のアルファ炭素原子を得る：
タンパク質骨格の描画のためにアルファ炭素の位置を使う：
特定のタンパク質の特性のリストを得る：
特性の短めのテキストによる説明を得る：
特性と関係   (3)
タンパク質をエンコードする遺伝子を得る：
GenomeDataから遺伝子によってエンコードされるすべてのタンパク質の名前を得る：
ElementDataから原子の大きさ，ColorDataからは彩色方法を使ってタンパク質を表示する：
TubeとBezierCurveを使ってタンパク質骨格の構造を示す：
おもしろい例題   (2)
タンパク質骨格のランダムな集合：
タンパク質のRamachandranプロットを示す：
バージョン 7 の新機能
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