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ProteinData

ProteinData
给出蛋白质 prot 的参考氨基酸序列.
ProteinData
给出蛋白质 prot 的指定属性值.
更多信息
  • 蛋白质可以通过诸如 的标准名称来指定.
  • 蛋白质序列可以用单字符的氨基酸字母组成的字符串表示.
  • 基本属性包括：
"MolecularWeight"总分子质量（道尔顿单位）
  • 序列的属性包括：
"DNACodingSequence"蛋白质的基本对序列代码
"DNACodingSequenceLength"蛋白质的基本对序列代码的长度
"Gene"蛋白质的基因代码
"Sequence"蛋白质的氨基酸序列
"SequenceLength"蛋白质的氨基酸序列长度
  • 蛋白质结构可能包含在原 DNA 序列中明确编码的其它元素：
  • 基于残基的分子结构属性包括：
"DihedralAngles"二面角 、、 的列表（弧度）
"SecondaryStructureRules"规则列表，给出螺旋等结构的起始坐标和终点坐标
  • 基于单个原子的分子结构属性包括：
"AdditionalAtomPositions"其它原子的三维坐标列表
"AdditionalAtomTypes"其它原子的元素符号列表
"AtomPositions"蛋白质原子的三维坐标列表
"AtomRoles"蛋白质原子的结构角色列表
"AtomTypes"蛋白质原子的元素符号列表
"GyrationRadius"回转半径
"MoleculePlot"三维分子结构图形
  • 距离按照微微米测量：
{}无组
"Chain"按链分组
"Residue"按残基分组
{g1,g2,...}分组标准列表
  • 在结构中与链相关的属性包括：
"ChainLabels"三维结构链的识别列表
"ChainSequences"三维结构链的氨基酸列表
  • 蛋白质普通域属性包括：
"DomainIDs"域的 NCBI CDD 数
"DomainPositions"蛋白质序列中域的坐标
"Domains"蛋白质中域名称
  • 函数属性包括：
"BiologicalProcesses"与蛋白质相关的生物进程
"CellularComponents"找到蛋白质的分子组件
"MolecularFunctions"蛋白质的分子函数
  • 蛋白质的识别属性包括：
"AlternateNames"可选择的传统名称
"GeneID"蛋白质基因的 GeneID 号
"Name"传统名称
"NCBIAccessions"NCBI 字符串
"PDBIDList"所有 PDB ID 字符串列表
"PrimaryPDBID"在 Mathematica 结构属性等中选择的PDB ID
"StandardName"标准 Mathematica 名称
范例关闭所有单元
例   (6)
给出人类蛋白质的列表：
显示带状图：
获得一个蛋白质的氨基酸序列：
获得一个蛋白质的分子重量：
获得蛋白质序列中氨基酸的数量：
获得一个三维蛋白质结构中原子的坐标：
给出人类蛋白质的列表：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]//Short=
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
 
显示带状图：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
获得一个蛋白质的氨基酸序列：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
获得一个蛋白质的分子重量：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
获得蛋白质序列中氨基酸的数量：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
获得一个三维蛋白质结构中原子的坐标：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]//Short=
范围   (10)
蛋白质名称列表：
求出一个蛋白质的英文名称：
求出蛋白质类型的列表：
求出与 DNA 带相关的蛋白质类型：
获得涉及 DNA 带中涉及的蛋白质列表：
得到所属的一个蛋白质组的列表：
测试一个蛋白质是否属于一个类：
绘制蛋白质的带状图：
获得蛋白质结构中每个原子的三维坐标：
获得相应的原子类型：
按照残基分组原子坐标：
按链分组：
按链和残基分组：
获得一个特定残基的原子类型：
获得每个残基的 alpha-carbon 原子：
用 alpha-carbon 坐标显示蛋白质总干线：
获得一个特定蛋白质的属性列表：
获得一个属性的简短文字描述：
属性和关系   (3)
获得蛋白质编码的基因：
获得从 GenomeData 的基因编码的所有蛋白质名称：
从 ElementData 用原子大小和从 ColorData 着色显示一个蛋白质：
用 Tube 和 BezierCurve 显示一个蛋白质主干线的机构信息：
巧妙范例   (2)
蛋白质主干线的随机集合：
显示蛋白质的 Ramachandran 图形：
版本 7 的新功能
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