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SequenceAlignment

SequenceAlignment
文字列あるいはリスト とリスト 中の一連の要素の選択的なアラインメントを求め，連続するマッチする文字列と異なる文字列を返す．
詳細
  • SequenceAlignmentはの形式のリストを返す．ただし，はマッチするセグメントを表す単一の文字列かリスト要素の連続 u，間で異なるセグメントを表すペアのである．
  • SequenceAlignmentは，デフォルトで，完全な文字列またはリスト とリスト の大域的Needleman-Wunsch 配列を求める．
  • オプション設定をMethodとすると，局所的Smith-Waterman配列が求まる．
  • 十分によく似ている文字列またはリストの場合，局所的配列メソッドと大域的配列メソッドは同じ結果を返す．
  • 使用可能なオプション：
GapPenalty0各アラインメントギャップの余分なコスト
IgnoreCaseFalse文字列中の大文字小文字の違いを無視するかどうか
MergeDifferencesTrue近接する差分を組み合せるかどうか
Method"Global"使用するアラインメントアルゴリズム
SimilarityRulesAutomatic要素間の類似性の規則
  • SequenceAlignmentは全体としての類似度スコアを最大化する配列を求めようとする．
  • デフォルト設定のSimilarityRules->Automaticでは，2つの要素間の各マッチは全体的な類似度スコアを1大きくし，ミスマッチ，挿入，削除はそれぞれスコアを1小さくする．
  • SimilarityRulesのノートで指摘されているように，さまざまな名前付き類似行列がサポートされている．
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例   (2)
類似した2つの文字列を大域的に整列させる：
2本の文字列の大域的アラインメント：
同じ文字列の局所的アラインメント：
類似した2つの文字列を大域的に整列させる：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
2本の文字列の大域的アラインメント：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
同じ文字列の局所的アラインメント：
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
オプション   (3)
2つの短いタンパク質配列のアラインメントを与える：
の削除に負のスコアを割り当てると異なる配列になる：
デフォルトで，アラインメントには2つのギャップが伴う：
ギャップの追加コストを増すと，他のアラインメントのギャップが少なくなる：
これは，挿入，削除，置換を別々の差異で与える：
アプリケーション   (2)
次は，2つの等しい文字列の大域的アラインメントを与える：
これは，大域的文字列アラインメントと局所的文字列アラインメントを示している：
バージョン 7 の新機能
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