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SequenceAlignment

SequenceAlignment
求出字符串中或列表 和 中元素序列的一个最佳对齐排列，产生一个连续匹配以及不同的序列列表.
更多信息
  • SequenceAlignment 给出形式为 的列表，其中每个 是单个字符串或列表元素 u 的序列，表示一个匹配分段，或一对 ，表示不同 之间不同的分段.
  • SequenceAlignment 缺省下求出完全字符串或列表 和 的一个全局 Needleman-Wunsch 排列.
  • 在选项设置 Method 下，它求出一个局部的 Smith-Waterman 对齐排列.
  • 对于足够相似的字符串或列表，局部排列方法或全局排列方法给出相同的结果.
  • 可以给出下列选项：
GapPenalty0每次排列间隙的其它代价
IgnoreCaseFalse是否忽略字符串中的大小写
MergeDifferencesTrue是否组合相邻差异
Method"Global"使用的对齐排列算法
SimilarityRulesAutomatic元素间相似的规则
  • 在缺省设置 SimilarityRules->Automatic 下，两个元素之间的每次完全匹配对整体相似积分增加 1，当每次不匹配、插入或删除，给出-1.
  • 支持不同名称的相似矩阵，就像在 SimilarityRules 中指定的一样.
范例关闭所有单元
例   (2)
全局排列两个相似字符串：
全局排列两个字符串：
相同字符串的局部排列：
全局排列两个相似字符串：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
全局排列两个字符串：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
相同字符串的局部排列：
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
选项   (3)
排列两个简短的蛋白质序列：
对于删除 给出一个不同的排列，分配一个负分数：
缺省下，求出有两个间隙的排列：
增加间隙的开销，使得另一个排列有较少的间隙：
这给出插入、删除和替换，作为单个不同：
应用   (2)
这给出两个相似字符串的全局排列：
这显示全局或局部字符串排列之间的不同：
版本 7 的新功能
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