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Mathematica > データの操作 > インポートとエキスポート > Affymetrix (.cel，.cdf，.chp，.gin，psi) >
MATHEMATICA IMPORT/EXPORT フォーマット|その他 »

Affymetrix (.cel，.cdf，.chp，.gin，psi)

Affymetrixマイクロアレイデータ形式．
マイクロアレイデータとメタ情報の保管と交換に使われるファイル形式ファミリ．
ASCIIまたはバイナリ形式．
MAS，GCOS，およびコマンドコンソールアプリケーションのネイティブ形式．
CELファイルは各プローブの強度値のラスタを保管する．
CHPファイルはプローブセットについての処理されたデータを含む．
CDFファイルはどのプローブがどのプローブセットの一部なのかを記述する．
GINファイルは各プローブセットに関連付けられた遺伝子名を保管する．
PSIファイルはプローブセット名とプローブセット中のプローブ対の数を保管する．
  • ImportはAffymetrix CEL，CDF，CHP，GIN，PSI形式を完全にサポートする．
IMPORT
  • Importは任意のAffymetrix CEL，CDF，CHP，GIN，またはPSIファイルからデータをインポートする．
  • Importは指定の要素をインポートする．
  • Importは複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImportまたはImportで指定できる．
  • Importについての一般的な情報は，関数ページを参照のこと．
  • ImportStringはAffymetrixファイル形式ファミリをサポートする．
要素
"Elements"このファイルで利用できる要素とオプションのリスト
"Rules"各要素とオプションの規則の完全リスト
"Options"オプション，属性，設定の規則のリスト
  • 共通のデータを表す要素：
"Data"強度値(CEL)，処理されたプローブセットデータ(CHP)，またはプローブセットの記録(CDF，PSI，GIN)
"ProbeSetNames"文字列のリスト形式のプローブセット名
  • CDF，PSI，あるいはGINからインポートする際，Importは指定のプローブセットに対応する記録を返す．
  • Importは全Affymetrixファイル形式に対してデフォルトで要素を使用する．
  • 共通のメタデータ要素：
"Header"規則のリストとして与えられるメタ情報
  • 内在するDAT画像ファイルについてのメタ情報を表す追加のCEL要素：
"PixelRange"各プローブ強度値に対応する画素数
"DataErrors"強度値における誤差
"Outliers"異常値であると考えられるプローブの座標のリスト
  • 追加のCDF要素：
"QCData"品質管理情報
  • 追加のCHP要素：
"DetectionStates"検出された遺伝子式状態で，値True，False，Indeterminateのリストとして与えられる
"DetectionSignificances"各検出状態に対応する 値
"ProbePairs"各プローブセットの中のプローブ対の数
"ProbePairsUsed"検出状態の推測に使われるプローブ対の数
"Alleles"検出された遺伝子型
"ConfidenceValues"各遺伝子型の信頼値
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例   (5)
CELファイルから強度値のラスタをインポートしてプロットする：
CELファイルから完全なヘッダ情報をインポートする：
CDFファイルから完全なヘッダ情報を読み取る：
プローブセット名の最初のいくつかをインポートする：
プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：
プローブセット名，信号データ，検出状態をCHPファイルからインポートする：
GINファイルから完全なヘッダ情報を読み取る：
プローブセット名の最初のいくつかをインポートする：
プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：
PSIファイルからプローブセット名の最初のいくつかをインポートする：
プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：
異常値プローブの位置を示す：
データから製造者の透かしを抽出し，画像として示す：
CELファイルから強度値のラスタをインポートしてプロットする：
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CELファイルから完全なヘッダ情報をインポートする：
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CDFファイルから完全なヘッダ情報を読み取る：
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プローブセット名の最初のいくつかをインポートする：
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プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：
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プローブセット名，信号データ，検出状態をCHPファイルからインポートする：
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GINファイルから完全なヘッダ情報を読み取る：
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プローブセット名の最初のいくつかをインポートする：
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プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：
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PSIファイルからプローブセット名の最初のいくつかをインポートする：
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プローブセット名に関連付けられているデータをインポートする：
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異常値プローブの位置を示す：
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データから製造者の透かしを抽出し，画像として示す：
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