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MMCIF (.cif)

MIMEタイプ：chemical/x-cif，chemical/x-mmcif
3次元分子構造モデルファイル．
3D分子モデルの格納と交換のために化学情報(cheminformatics)アプリケーションとWebで使われている．
一般にPDB形式の代替として使用される．
mmCIFはMacromolecular Crystallographic Information Fileからの頭字語である．
CIFファイル形式から派生した．
プレーンテキスト形式．
1990年から1997年の間に国際結晶学連合(International Union of Crystallography)において開発された．
  • ImportはmmCIF形式のバージョン1.0をサポートする．
IMPORT
  • Importは，mmCIFファイルを読み込み，分子の定型化されたレンダリングを返す．
  • Mathematica は高分子のためのさまざまな3次元レンダリングのスタイルを提供する．
  • Importは指定された要素をMMCIFファイルからインポートする．
  • Importは子要素をインポートする．
  • Importは複数の要素をインポートする．
  • Importについての完全な一般情報は，関数ページを参照のこと．
要素
"Elements"ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
"Rules"それぞれの要素とオプションについての規則の完全リスト
"Options"オプション，属性，設定の規則のリスト
  • グラフィックス要素：
"Graphics3D"Graphics3Dオブジェクトとして描画されたmmCIFファイル
  • Importは，要素をデフォルトでmmCIF形式に使用する．
  • データを表現する要素：
"Residues"3文字短縮形の配列としての残基列
"Sequence"文字列のリストとして与えられる残基列
"ResidueAtoms"残留原子のリスト
"ResidueChainLabels"鎖ラベルのリスト
"ResidueRoles"残留原子の機能的役割
"ResidueCoordinates"残留原子の3次元座標
"Resolution"模型座標の空間分解能（ピコメーターで）
"AdditionalAtoms"鎖の構成要素ではない原子
"AdditionalCoordinates"付加原子の3次元座標
"AdditionalResidues"3文字省略形の配列としての追加的な残基列
"SecondaryStructure"鎖の大規模な構造を表現する規則
"VertexCoordinates"原子座標（通常ピコメーターで与えられる）
"VertexTypes"分子を構成しているすべての原子あるいはグループ（通常化学要素の省略形のリストとして与えられる）
  • 1つかそれ以上の残基が欠けている不完全な鎖をmmCIFから読み込む場合は，Mathematica はそれを個々の部分鎖の列として表示する．
  • Mathematica はアミノ酸残基に標準のIUB/IUPAC短縮形を使用する．
  • 同じ分子の複数の3次元模型を表現するmmCIFファイルをインポートする際には，全模型の形状を読み込むために以下のImport 要素を使うことができる：
"ResidueCoordinatesList"それぞれの模型についての残基座標
"AdditionalCoordinatesList"それぞれの模型についての付加原子の3次元座標
"VertexCoordinatesList"それぞれの模型についての原子座標（通常ピコメーターで与えられる）
  • メタ情報要素：
"Authors"ファイルで参照される著者情報
"DepositionDate"いつファイルがデータベースに加えられたか
"PDBClassification"ファイルヘッダからのPDB分類
"PDBIDPDBの構造識別文字列
"References"書誌参照（規則のリストとして与えられる）
"Title"ドキュメントタイトル
オプション
  • 一般的なレンダリングオプション：
ImageSizeAutomatic表示するグラフィックスの全体的な大きさを指定する
BackgroundWhiteどの背景色を使うかを指定する
ColorFunctionAutomatic二次構造の可視化の色付けを決定するために適用する関数
ViewPointAutomatic3次元模型を見る空間内の視点
  • デフォルト設定のViewPoint->Automaticで，Mathematica はインポートされた分子模型を見るのに最適な角度を自動的に計算する．
  • レンダリングスタイルを選択する：
"Rendering""Structure"可視化メソッドを指定する
  • に可能な設定：
"BallAndStick"原子と結合を玉と棒の模型として表示する
"Structure"タンパク質骨格の定型化されたレンダリング
"Spacefilling"重なり合う球として表示された原子
"Wireframe"線として描画された結合
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例   (2)
mmCIFファイルをインポートする：
使用できるすべてのImport要素の名前を表示する：
このmmCIFファイルから参照情報を読み込む：
アミノ酸配列を文字列としてインポートする：
サンプルファイルで使用できるImport要素を表示する：
mmCIFファイルをインポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
使用できるすべてのImport要素の名前を表示する：
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
このmmCIFファイルから参照情報を読み込む：
In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]//TableForm=
アミノ酸配列を文字列としてインポートする：
In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=
 
サンプルファイルで使用できるImport要素を表示する：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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