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Mathematica > データの操作 > インポートとエキスポート > NEXUS (.nex，.nxs) >
MATHEMATICA IMPORT/EXPORT フォーマット関連項目 »|その他 »

NEXUS (.nex，.nxs)

NEXUS系統生物学ファイル形式．
一般に系統学データの保管と交換に使われる．
DNAおよびタンパク質配列，分類群の距離，類似度，系統樹を保管することができる．
ASCII形式．
ユーザによる拡張が可能．
1990年代に開発された．
  • ImportはNEXUSファイルから配列データ，距離行列を読むことができる．
  • Exportは配列データをNEXUS形式に変換することができる．
IMPORTとEXPORT
  • ImportはNEXUSファイルからDNAまたはタンパク質配列をインポートする．
  • Exportは配列のリストをNEXUSファイルにエキスポートする．
  • Importはファイルに保管されている配列を表す文字列のリストを返す．
  • ExportはDNA配列またはタンパク質配列を表す文字列をNEXUSにエキスポートする．
  • Exportは複数の配列をエキスポートする．
  • ImportはNEXUSファイルから指定の要素をインポートする．
  • Importは子要素をインポートする．
  • Importは複数の要素をインポートする．
  • インポート形式はImportまたはImportで指定できる．
  • Exportはexpr が要素 elem を指定するものとして扱って，NEXUSファイルを作成する．
  • Exportはそれぞれの が対応する を指定するものとして扱う．
  • Exportは指定されたオプションの要素が指定された値を取るものとして expr をエキスポートする．
  • Exportは規則を使ってエキスポートする要素を指定する．
  • ImportとExportについての全一般情報は関数ページを参照のこと．
要素
"Elements"このファイルで利用できる要素とオプションのリスト
"Rules"各要素とオプションの規則の完全リスト
"Options"オプション，属性，設定の規則のリスト
  • データを表現する要素：
"DistanceMatrix"数値行列として与えられる分類群間の距離
"Sequence"文字列のリストとして与えられる配列
"Taxa"分類群名
  • Importはデフォルトで要素を使用する．
  • その他のデータ要素：
"Data"リストに組み合された要素と要素
"LabeledData"ファイルに保管された各分類群および配列の規則のリスト
  • Mathematica は核酸とアミノ酸については標準のIUB/IUPAC略記を使う．詳細は"FASTA"の関数ページを参照のこと．
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例   (6)
NEXUSファイルから配列データをインポートする：
分類群名と配列データを規則のリストとしてインポートする：
DNA配列をNEXUS形式にエキスポートする：
DNA配列と明示的な分類群名のペアをエキスポートする：
ファイルに保管されている分類群の名前と距離行列を返す：
分類群名と配列データをペアでインポートする：
NEXUSファイルから配列データをインポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
分類群名と配列データを規則のリストとしてインポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
DNA配列をNEXUS形式にエキスポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
DNA配列と明示的な分類群名のペアをエキスポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
ファイルに保管されている分類群の名前と距離行列を返す：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
分類群名と配列データをペアでインポートする：
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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