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SMILES (.smi)

MIMEタイプ:chemical/x-daylight-smiles
SMILES化学形式.
化学分子の構造を表すのによく使われる.
SMILESはSimplified Molecular Input Line Entry Specificationの頭字語である.
化学情報アプリケーションおよび化学データベースの中で化学式を表すのに使用される.
ASCII形式.
線形表記法を使って,分子の結合性グラフを表示する.
複数の分子のデータが保管できる.
1980年代にArthur WeiningerとDavid Weiningerによって開発された.
  • ImportはSMILES形式の標準的なバージョンと異性体バージョンを読み込むことができる.
  • Importは任意の数のSMILES文字列を含むファイルをインポートする.
  • ImportはSMILESデータを化学分子のグラフ構造を表す Mathematica 式のリストに変換する.
  • ImportはSMILESから指定の要素をインポートする.
  • Importは複数の要素をインポートする.
  • インポートの形式はImportあるいはImportを使って指定することができる.
  • Importについての完全で一般的な情報は,関数ページを参照のこと.
"Elements"このファイルで有効な要素とオプションのリスト
"Rules"それぞれの要素とオプションの規則の完全リスト
  • ImportはSMILESから変換する際にデフォルトで要素を使う.
  • データを表現する要素:
"EdgeRules"結合性データ(規則のリストとして与えられる)
"EdgeTypes"文字列のリストとして与えられる結合の型
"FormalCharges"で与えられる原子電荷
"VertexTypes"分子を構成するすべての原子あるいはグループ(通常,化学元素省略形のリストとして与えられる)
カフェインのSMILES文字列をインポートする:
ChemicalDataは一般的な化学物質すべてについてSMILESデータを持つ:
ImportあるいはImportStringで与えられたデータはGraphPlotの入力として使うことができる:
カフェインのSMILES文字列をインポートする:
In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
 
ChemicalDataは一般的な化学物質すべてについてSMILESデータを持つ:
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Click for copyable input
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ImportあるいはImportStringで与えられたデータはGraphPlotの入力として使うことができる:
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Click for copyable input
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