文献管理
Mathematica の文献管理機能を使うと，
Mathematica を使って書いた研究論文に注釈や参照を付けることができる．この機能は標準的な参照データ用のBibTeX形式の他，EndNoteとも使うことができる．EndNoteはトトムソン・ロイターのパワフルなシステムで，オンライン検索を実行し，何千ものさまざまな刊行物に対する引用を自動的にフォーマットする．
EndNoteを使った文献管理
Mathematica の文献管理機能は業界標準のパワフルな研究ツールであるEndNoteでも使える．これによりノートブックで研究を進めながら，引用したり，注釈を加えたりすることができる．
Mathematica でEndNoteを使って引用を管理するためには，EndNoteソフトウェアがインストールされ，実行されていなければならない．
論文執筆時に使用する文献データベースの作成
EndNoteはトマソンロイターの研究支援ツールである．EndNoteを使うことで，データを自分で入力して手動で，あるいはさまざまなオンラインライブラリを検索して自動で文献のデータベースを構築することができる．EndNote Link for
Mathematica がEndNoteと連動し，EndNoteデータベースから執筆中の
Mathematica ノートブックへ参考文献が挿入できるようになる．
さまざまな出版標準に従った参考文献のフォーマット管理
EndNoteの最もパワフルな機能の一つは，3000を超えるさまざまな出版物の参考文献リストおよび引用のスタイルについての大きなデータベースを含んでいるということである．それぞれの出版物にはそれ独自の標準書式がある．EndNote Link for
Mathematica を使うことで，ある出版物への投稿用にノートブックを準備することができ，また別の出版物へ投稿する際には引用と参考文献リストを簡単にフォーマットし直すことができる．
EndNote Linkとプラグインインターフェース
Mathematica のEndNote Linkプラグインを使うと，
Mathematica とEndNoteはをインターフェース接続することができる．
Mathematica のEndNote LinkプラグインはWolfram Researchのソフトウェアであり，
Mathematica がインストールされると自動的にEndNoteプラグインディレクトリにインストールされる．プラグインはEndNoteと
Mathematica とをつなぐ役割を果たす．EndNoteが実行中ならば， サブメニューの「参考文献」メニュー項目が利用可能になる．
EndNoteを使った検索の実行
これはEndNoteの使い方についてのチュートリアルはない．EndNoteの使い方についてはEndNoteに付属のドキュメントを参照しなければならない．ここではその最も基本的な使い方，すなわちオンライン参考文献の検索を行う．
オンラインのPubMedデータベースで，著者リストに「Sherlock」が含まれているすべての文献を検索する．
Online Searchカテゴリの
PubMedをクリックする．最初の
Author Containsの隣の
Searchタブの中の欄に
と入力して
Enterを押す．
EndNoteによりPubMedデータベース中に1406件の文献が見付かる．
Enterを押してそれらすべてをローカルのデータベースにダウンロードする．
参考文献を Mathematica に読み込む
まだ
Mathematica を起動していない場合はここで起動する．次は説明用の例である．
Mathematica 内部で，引用を挿入したい場所にカーソルを置き，を選ぶ．
Mathematica の
引用の挿入ダイアログが現れ，EndNoteデータベースの参考文献すべてを表示する．
Mathematica はこれらすべての文献のコピーをキャッシュに保存するので，このダイアログは2回目以降はもっと早く表示されるようになる．
引用のフィルタと並べ替え
引用の挿入ダイアログには，データベースに存在する参考文献すべてが表示される．しかし，指定したキーワードを持つ参考文献だけを表示させたい場合もあるだろう．この場合，
引用の挿入ダイアログのフィルタ機能を使うことができる．ダイアログ上部の入力フィールドに検索したい言葉を入力して
検索をクリックすると，その言葉を含む参考文献だけが表示され，参考文献のリストの中でその言葉がハイライトされる．次の例では「bile」という言葉を含む参考文献だけが表示されている．
文献リストは，作者，年，タイトルで並べ替えることもできる．
引用の挿入と削除
単独の引用の挿入
Mathematica の文献管理機能は，テキストセル内部でのみサポートされる．引用を挿入するためには，挿入ポイントがテキストセル内にあることを確認し，リストから書誌を選んでダイアログの
挿入を押す．これで引用がテキストの中に現れ，書誌の巻末の注がノートブックの最後に挿入される．
引用と書誌項目のスタイルは現在選ばれている引用形式で決められる．デフォルトスタイルは番号付きであるが，EndNoteを使っている場合は3000を超えるスタイルの中から選ぶことができる．例えば次は，上と同じ引用を
Physical Review B スタイルにした場合である．
引用の自動番号付け
連続した番号を含む引用形式を使っている場合は，新しい引用を挿入すると常に番号が自動的に再計算される．既存の2つの引用の間に新しく引用を挿入すると，
Mathematica が順になっているすべての引用番号を再計算し新しい番号が付く．引用を含むテキストを削除した場合は，引用は再計算されない．このような場合に引用番号を再調整するためには，メニューからを使う．
複数の引用の挿入
引用の挿入ダイアログでは，選択した追加の参考文献について
Ctrlキーを押さえることで一度に複数の参考文献を選ぶことができる．2つ以上の参考文献が選ばれた場合は，現在選ばれている引用形式のグループ化の決まりに従って，自動的にグループ化される．また，既存の引用のすぐ隣に引用を挿入する場合は，その形式のグループ化規則に従ってグループ化される．
参考文献ライブラリの更新
Mathematica でノートブックを編集している間でも，EndNoteや他のデータソースに戻りもう少し調べたり，参考文献のデータベースを変更したりすることもあり得る．その後再び
Mathematica での編集を再開する際，
引用の挿入ダイアログの右上にある
更新ボタン
を押して新しい参考文献を表示する．
更新を押すと
Mathematica 内部にある参考文献のキャッシュが削除され再構築される．
引用形式の変更
ノートブック全体の引用形式を別の雑誌や出版物のスタイルに変更する場合は，メニューからを選ぶ．
引用形式ダイアログが現れ，EndNote（あるいはBibTeXLink）でサポートされるさまざまな引用スタイルすべてが選べるようになる．
新しい引用スタイルを設定するためには，ドロップダウンメニューから出版物を選び，
OKをクリックする．引用および参考文献がその出版物に対応したフォーマットに修正される．
EndNoteはデフォルトでは利用可能な形式すべての部分形式もサポートする．この部分集合はより便利で，このダイアログのパフォーマンスを向上させる．すべての形式をインストールしたい場合，EndNoteのインストール中にそのオプションがある．形式すべてをインストールした場合，ドロップダウンメニューにすべてがリストされるため，ダイアログが現れるのに数秒かかる．
Mathematica はこのリストをキャッシュに保存するので，次にダイアログを開くときはそれほど時間はかからない．
BibTeX文献リストの文献管理
データソースとしてのBibTeXファイルの選択
引用の挿入ダイアログの下部にあるデータソースドロップダウンメニューでBibTeXを選ぶ．ダイアログが現れ，参考文献データベースに使用する.bibファイルを選ぶよう求められる．該当する.bibファイルを選ぶと，
Mathematica がデータベースをロードする．一旦
Mathematica がデータベースをロードすると，
引用の挿入ダイアログに参考文献が現れ，上記の例のように引用が挿入できる．
いくつかの異なるBibTeXファイルからの参考文献を使うことができる．希望の文献が現在ロードされているBibTeXの参考文献集にない場合は，
Mathematica が参考文献リストを再構築するときに
環境変数で指定されたレポジトリを検索する．
注意：
Mathematica は現在の時点では．同一ノートブック内でのBibTeX引用とEndNote引用の混用はサポートしない．
高度なトピック：BibTeX文献リストで専門誌スタイルを使う
Mathematica はBibTeX引用と参考文献に対して少数の専門誌スタイルしかサポートしていない．しかし，これらのスタイルを編集し，自分の研究にカスタマイズした新しいスタイルを加えることができる．
のには引用と参考文献をカスタマイズするのに使うことのできるテンプレートのリストがある．それぞれのテンプレートは文字列で定義されており，引用セルおよび文献セルそれぞれのセル定義を含むあと2つの文字列が続いているテンプレートを指定する．それぞれのセルテンプレートにはBibTeX項目のタグに対応する$TAGNAME$という形式のタグが含まれている．
@Misc{elliptic,
author = {Wolfram, Stephen},
title = {Solving the Quintic with {M}athematica},
howpublished = {http://library.wolfram.com/examples/quintic/},
year = 1999
}
次のBibTeXTemplatesの文字列により，文献セルの外観が定義されている．
Cell[TextData[{" $REFNUM$. $AUTHOR$, ",
StyleBox["$TITLE$", FontSlant->"Italic"],
" $YEAR$. ",
"$HOWPUBLISHED$"}],
"$CELLSTYLE$",
Editable->False,
TaggingRules->{ReferenceData -> ""}]
文献セルがノートブックに挿入されたときにどのようにフォーマットされるかを示したものである．
他の特殊タグ$REFNUM$および$CELLSTYLE$は削除してはならない．これはテンプレートがセルへと処理されノートブックに挿入されるときに
Mathematica の引用フォーマット機能により書き込まれる．
BibTeX項目に対応しないタグを持つセル定義は代替されず$TAGNAME$形式のまま残る．この機能は文献形式とBibTeX項目のフィールドとの差分を解決するために使うことができる．
文献注釈の挿入と編集
文献注釈の挿入
Mathematica はEndNoteやBibTeXと使えるだけでなく，文献データベースに該当するものがないような生の注釈をテキストセルに挿入することもサポートする．このモードの場合はEndNoteもBibTeXLinkも起動している必要もなければ，インストールしてある必要さえない．注釈を挿入するためには，メニューからを選ぶ．
注釈を挿入ダイアログが現れる．
このダイアログの入力フィールドはテキスト
，グラフィックス，タイプセット数式を含む標準の
Mathematica の入力ならどれも受け入れる．
挿入を押すと，テキストの挿入ポイントに引用が挿入される．参考文献項目に似た文献注釈項目がノートブックの最後に挿入される．
文献注釈の編集
注釈を編集するためには，注釈を選んでメニューからを選ぶ．
注釈を挿入ダイアログが現れ，注釈の内容が編集できるようになる．
挿入を押すと注釈の新しい内容を反映するようノートブックが更新される．
