GapPenalty SequenceAlignmentおよび関連関数のオプションで，連続する挿入あるいは削除に対応する各ギャップに関連した追加コストを与える
デフォルトで，アラインメントには2つのギャップが伴う：
ギャップの追加コストを増すと他のギャップが少なくなる：
デフォルトのアラインメントスコア：
ギャップに追加コストを加える：
SimilarityRules SequenceAlignment SmithWatermanSimilarity NeedlemanWunschSimilarity Split
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