GenomeData

GenomeData["gene"]
ヒトゲノムを参照する指定された遺伝子のDNA配列を返す.

GenomeData["gene", "property"]
ヒトの遺伝子 gene の指定された特性の値を返す.

GenomeData[{"chr", {n1, n2}}]
ヒトゲノムを参照した染色体 chr 上の位置 から位置 までの配列を与える.

詳細詳細

  • 遺伝子はのような標準的な名前で指定される.
  • GenomeData[]はヒト遺伝子のリストを与える.
  • ヒト染色体は等として,あるいはからまでの整数とで指定される.
  • GenomeData[{{"chr", +1}, {n1, n2}}]は標準的な染色体 chr 上の位置 から までの5'から3'の配列を与える.
  • GenomeData[{{"chr", -1}, {m1, m2}}]は標準的な染色体 chr 上の位置 から までの5'から3'の配列を与える.配列の位置は底のストランドの5'末端に対して相対的に測られる.
  • 遺伝子配列特性:
  • "FullSequence"遺伝子の完全配列
    "FullSequencePosition"遺伝子の開始位置と終了位置
    "SequenceLength"塩基対にある遺伝子の長さ
  • 遺伝子の位置特性:
  • "Chromosome"遺伝子が位置する染色体
    "LocusList"遺伝子の遺伝子座をリストとして
    "LocusString"遺伝子の遺伝子座を配列で
    "Orientation"前方 (5'から3') または逆方向(3'から5'),+1あるいは-1
  • タンパク質および転写特性:
  • "CodingSequences"遺伝子の連結されたコード化配列
    "CodingSequenceLists"遺伝子のコード化配列のリスト
    "CodingSequencePositions"各コード化配列の範囲位置のリスト
    "ExonSequences"遺伝子のエクソン配列のリスト
    "IntronSequences"遺伝子のイントロンの配列のリスト
    "ProteinNames"遺伝子によってコード化されたタンパク質の名前
    "UTRSequences"遺伝子の変換されていない末端領域の配列のリスト
  • 機能特性:
  • "BiologicalProcesses"遺伝子産物の生物学的過程
    "CellularComponents"遺伝子産物が見付かる細胞成分
    "InteractingGenes"遺伝子あるいはその産物とインタラクトしている遺伝子
    "MolecularFunctions"遺伝子産物の細胞機能
  • 遺伝子識別特性:
  • "AlternateNames"一般的な同意語
    "GenBankIndices"GenBank識別番号配列
    "GeneID"GeneID番号配列
    "GeneOntologyIDs"遺伝子オントロジーID配列
    "MIMNumbers"MIM番号におけるメンデル遺伝
    "Name"一般的な英語名
    "NCBIAccessions"NCBI登録配列
    "ProteinGenBankIndices"タンパク製品のGenBank識別配列番号
    "ProteinNCBIAccessions"タンパク製品のNCBI登録配列
    "StandardName"標準 Mathematica
    "TranscriptGenBankIndices"RNA製品のGenBank識別配列番号
    "TranscriptNCBIAccessions"RNA製品のNCBI登録配列
    "UniProtAccessions"UniProt登録配列
  • 染色体の全体的な特性:
  • "SequenceLength"塩基対内の染色体の長さ
    "UnsequencedPositions"配列が未知である位置の始まりと終り
  • 染色体のバンドのリストに関連する特性:
  • "GBandLocusStrings"Gバンドの遺伝子座の名前
    "GBandScaledPositions"すべてのGバンドのスケールされた始まりと終りの位置
    "GBandStainingCodes"すべてのGバンドの細胞遺伝学的染色コード
    "GBandStainingLevels"すべてのGバンドの相対的染色レベル
  • GenomeData[gene, "prop", "ann"]は特性に関連する多くの注釈を与える.よく使われる注釈:
  • "Name"一般的な英語名
    "StandardName"標準 Mathematica
    "Units"値が与えられる単位

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例 (5)例 (5)

ヒトゲノムの完全なDNA配列を得る:

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Out[1]//Short=
In[2]:=
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Out[2]=

染色体の一部のDNA配列を得る:

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Out[1]=

染色体上の遺伝子のリストを得る:

In[1]:=
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Out[1]//Short=

染色体の遺伝子がある部分の Mathematica における標準名を得る:

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Out[1]=

遺伝子の染色体位置を求める:

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Click for copyable input
Out[1]=
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