ProteinData

ProteinData["prot"]
タンパク質 prot の参照核酸配列を与える.

ProteinData["prot", "property"]
タンパク質 prot の指定された特性の値を返す.

詳細詳細

  • タンパク質はのように標準的な名前で指定される.
  • ProteinData[]はすべての参照ヒトタンパク質のリストを返す.
  • タンパク質配列は標準的な一文字のアミノ酸コードとして表示される.
  • 基本特性:
  • "MolecularWeight"総分子量(ダルトン)
  • タンパク質の配列特性:
  • "DNACodingSequence"タンパク質の塩基対配列コード
    "DNACodingSequenceLength"タンパク質の塩基対配列コードの長さ
    "Gene"タンパク質にコードされている遺伝子
    "Sequence"タンパク質のアミノ酸配列
    "SequenceLength"タンパク質のアミノ酸配列の長さ
  • タンパク質の配列はもとのDNA配列には明示的にエンコードされていない追加的な要素を含むことがある.
  • 残基に基づいた分子構造特性:
  • "DihedralAngles"二面角の角度 , , のリスト(ラジアン)
    "SecondaryStructureRules"螺線,シート等の構造の開始位置と終了位置を与える規則のリスト
  • 個々の原子に基づいた分子構造特性:
  • "AdditionalAtomPositions"追加的原子の3D座標のリスト
    "AdditionalAtomTypes"追加的原子の要素記号のリスト
    "AtomPositions"タンパク質原子の3D座標のリスト
    "AtomRoles"タンパク質原子の構造的役割のリスト
    "AtomTypes"タンパク質原子の要素記号のリスト
    "GyrationRadius"旋回半径
    "MoleculePlot"3D分子構造プロット
  • 距離はピコメートルで測られる.
  • ProteinData["prot", "prop", grouping]はさまざまなグループ化での分子構造特性を与える.
  • {}グループ化は行わない
    "Chain"鎖でグループ化する
    "Residue"残基でグループ化する
    {g1,g2,...}グループ化の基準のリスト
  • 構造内の鎖に関連した特性:
  • "ChainLabels"3D鎖状構造の識別子のリスト
    "ChainSequences"3D鎖状構造のアミノ酸配列のリスト
  • タンパク質の共通領域特性:
  • "DomainIDs"領域のNCBI CDD番号
    "DomainPositions"タンパク質配列における領域の位置
    "Domains"タンパク質における領域の名前
  • 機能特性:
  • "BiologicalProcesses"タンパク質に関連する生体内作用
    "CellularComponents"タンパク質が見付かる細胞成分
    "MolecularFunctions"タンパク質製品の分子機能
  • タンパク質認識特性:
  • "AlternateNames"代替的な従来の名前
    "GeneID"タンパク質遺伝子のGeneID番号配列
    "Name"標準名
    "NCBIAccessions"NCBI受入れ配列
    "PDBIDList"PDB ID配列
    "PrimaryPDBID"構造特性等のために Mathematica 内で選ばれたPDB ID
    "StandardName"標準的な Mathematica
  • ProteinData["prot", "prop", "Units"] は特定の特性値の単位を与える.

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例 (6)例 (6)

ヒトタンパク質のリストを得る:

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リボン図を表示する:

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タンパク質のアミノ酸配列を得る:

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タンパク質の分子量を得る:

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タンパク質配列中のアミノ酸の数を得る:

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3Dタンパク質配列中の原子の座標を得る:

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