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ProteinData
ProteinData["prot"]
タンパク質 prot の参照核酸配列を与える．
ProteinData["prot", "property"]
タンパク質 prot の指定された特性の値を返す．
詳細
- タンパク質は
のように標準的な名前で指定される． - ProteinData[]はすべての参照ヒトタンパク質のリストを返す．
- タンパク質配列は標準的な一文字のアミノ酸コードとして表示される．
- 基本特性：
-
"MolecularWeight" 総分子量（ダルトン） - タンパク質の配列特性：
-
"DNACodingSequence" タンパク質の塩基対配列コード "DNACodingSequenceLength" タンパク質の塩基対配列コードの長さ "Gene" タンパク質にコードされている遺伝子 "Sequence" タンパク質のアミノ酸配列 "SequenceLength" タンパク質のアミノ酸配列の長さ - タンパク質の配列はもとのDNA配列には明示的にエンコードされていない追加的な要素を含むことがある．
- 残基に基づいた分子構造特性：
-
"DihedralAngles" 二面角の角度 
, 
, 
のリスト（ラジアン）"SecondaryStructureRules" 螺線，シート等の構造の開始位置と終了位置を与える規則のリスト - 個々の原子に基づいた分子構造特性：
-
"AdditionalAtomPositions" 追加的原子の3D座標のリスト "AdditionalAtomTypes" 追加的原子の要素記号のリスト "AtomPositions" タンパク質原子の3D座標のリスト "AtomRoles" タンパク質原子の構造的役割のリスト "AtomTypes" タンパク質原子の要素記号のリスト "GyrationRadius" 旋回半径 "MoleculePlot" 3D分子構造プロット - 距離はピコメートルで測られる．
- ProteinData["prot", "prop", grouping]はさまざまなグループ化での分子構造特性を与える．
-
{} グループ化は行わない "Chain" 鎖でグループ化する "Residue" 残基でグループ化する {g1,g2,...} グループ化の基準のリスト - 構造内の鎖に関連した特性：
-
"ChainLabels" 3D鎖状構造の識別子のリスト "ChainSequences" 3D鎖状構造のアミノ酸配列のリスト - タンパク質の共通領域特性：
-
"DomainIDs" 領域のNCBI CDD番号 "DomainPositions" タンパク質配列における領域の位置 "Domains" タンパク質における領域の名前 - 機能特性：
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"BiologicalProcesses" タンパク質に関連する生体内作用 "CellularComponents" タンパク質が見付かる細胞成分 "MolecularFunctions" タンパク質製品の分子機能 - タンパク質認識特性：
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"AlternateNames" 代替的な従来の名前 "GeneID" タンパク質遺伝子のGeneID番号配列 "Name" 標準名 "NCBIAccessions" NCBI受入れ配列 "PDBIDList" PDB ID配列 "PrimaryPDBID" 構造特性等のために Mathematica 内で選ばれたPDB ID "StandardName" 標準的な Mathematica 名 - ProteinData["prot", "prop", "Units"] は特定の特性値の単位を与える．
バージョン 7 の新機能
