ProteinData

ProteinData["prot"]
给出蛋白质 prot 的参考氨基酸序列.

ProteinData["prot", "property"]
给出蛋白质 prot 的指定属性值.

更多信息更多信息

  • 蛋白质可以通过诸如 的标准名称来指定.
  • ProteinData[] 给出所有蛋白质列表.
  • 蛋白质序列可以用单字符的氨基酸字母组成的字符串表示.
  • 基本属性包括:
  • "MolecularWeight"总分子质量(道尔顿单位)
  • 序列的属性包括:
  • "DNACodingSequence"蛋白质的基本对序列代码
    "DNACodingSequenceLength"蛋白质的基本对序列代码的长度
    "Gene"蛋白质的基因代码
    "Sequence"蛋白质的氨基酸序列
    "SequenceLength"蛋白质的氨基酸序列长度
  • 蛋白质结构可能包含在原 DNA 序列中明确编码的其它元素:
  • 基于残基的分子结构属性包括:
  • "DihedralAngles"二面角 的列表(弧度)
    "SecondaryStructureRules"规则列表,给出螺旋等结构的起始坐标和终点坐标
  • 基于单个原子的分子结构属性包括:
  • "AdditionalAtomPositions"其它原子的三维坐标列表
    "AdditionalAtomTypes"其它原子的元素符号列表
    "AtomPositions"蛋白质原子的三维坐标列表
    "AtomRoles"蛋白质原子的结构角色列表
    "AtomTypes"蛋白质原子的元素符号列表
    "GyrationRadius"回转半径
    "MoleculePlot"三维分子结构图形
  • 距离按照微微米测量:
  • ProteinData["prot", "prop", grouping] 给出各组的分子结构属性:
  • {}无组
    "Chain"按链分组
    "Residue"按残基分组
    {g1,g2,...}分组标准列表
  • 在结构中与链相关的属性包括:
  • "ChainLabels"三维结构链的识别列表
    "ChainSequences"三维结构链的氨基酸列表
  • 蛋白质普通域属性包括:
  • "DomainIDs"域的 NCBI CDD 数
    "DomainPositions"蛋白质序列中域的坐标
    "Domains"蛋白质中域名称
  • 函数属性包括:
  • "BiologicalProcesses"与蛋白质相关的生物进程
    "CellularComponents"找到蛋白质的分子组件
    "MolecularFunctions"蛋白质的分子函数
  • 蛋白质的识别属性包括:
  • "AlternateNames"可选择的传统名称
    "GeneID"蛋白质基因的 GeneID 号
    "Name"传统名称
    "NCBIAccessions"NCBI 字符串
    "PDBIDList"所有 PDB ID 字符串列表
    "PrimaryPDBID"Mathematica 结构属性等中选择的PDB ID
    "StandardName"标准 Mathematica 名称
  • ProteinData["prot", "prop", "Units"] 给出一个特定属性值的单位.

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基本范例 (6)基本范例 (6)

给出人类蛋白质的列表:

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Out[1]//Short=
In[2]:=
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Out[2]=

显示带状图:

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Out[1]=

获得一个蛋白质的氨基酸序列:

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Out[1]=

获得一个蛋白质的分子重量:

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Out[1]=

获得蛋白质序列中氨基酸的数量:

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Out[1]=

获得一个三维蛋白质结构中原子的坐标:

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Out[1]//Short=
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