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ProteinData
ProteinData["prot"]
给出蛋白质 prot 的参考氨基酸序列.
ProteinData["prot", "property"]
给出蛋白质 prot 的指定属性值.
更多信息
- 蛋白质可以通过诸如
的标准名称来指定. - ProteinData[] 给出所有蛋白质列表.
- 蛋白质序列可以用单字符的氨基酸字母组成的字符串表示.
- 基本属性包括：
-
"MolecularWeight" 总分子质量（道尔顿单位） - 序列的属性包括：
-
"DNACodingSequence" 蛋白质的基本对序列代码 "DNACodingSequenceLength" 蛋白质的基本对序列代码的长度 "Gene" 蛋白质的基因代码 "Sequence" 蛋白质的氨基酸序列 "SequenceLength" 蛋白质的氨基酸序列长度 - 蛋白质结构可能包含在原 DNA 序列中明确编码的其它元素：
- 基于残基的分子结构属性包括：
-
"DihedralAngles" 二面角 
、
、
的列表（弧度）"SecondaryStructureRules" 规则列表，给出螺旋等结构的起始坐标和终点坐标 - 基于单个原子的分子结构属性包括：
-
"AdditionalAtomPositions" 其它原子的三维坐标列表 "AdditionalAtomTypes" 其它原子的元素符号列表 "AtomPositions" 蛋白质原子的三维坐标列表 "AtomRoles" 蛋白质原子的结构角色列表 "AtomTypes" 蛋白质原子的元素符号列表 "GyrationRadius" 回转半径 "MoleculePlot" 三维分子结构图形 - 距离按照微微米测量：
- ProteinData["prot", "prop", grouping] 给出各组的分子结构属性：
-
{} 无组 "Chain" 按链分组 "Residue" 按残基分组 {g1,g2,...} 分组标准列表 - 在结构中与链相关的属性包括：
-
"ChainLabels" 三维结构链的识别列表 "ChainSequences" 三维结构链的氨基酸列表 - 蛋白质普通域属性包括：
-
"DomainIDs" 域的 NCBI CDD 数 "DomainPositions" 蛋白质序列中域的坐标 "Domains" 蛋白质中域名称 - 函数属性包括：
-
"BiologicalProcesses" 与蛋白质相关的生物进程 "CellularComponents" 找到蛋白质的分子组件 "MolecularFunctions" 蛋白质的分子函数 - 蛋白质的识别属性包括：
-
"AlternateNames" 可选择的传统名称 "GeneID" 蛋白质基因的 GeneID 号 "Name" 传统名称 "NCBIAccessions" NCBI 字符串 "PDBIDList" 所有 PDB ID 字符串列表 "PrimaryPDBID" 在 Mathematica 结构属性等中选择的PDB ID "StandardName" 标准 Mathematica 名称 - ProteinData["prot", "prop", "Units"] 给出一个特定属性值的单位.
版本 7 的新功能
