Mathematica > コアとなる言語 > 文字列操作 > 配列アラインメントと比較 > SequenceAlignment
MATHEMATICA 組込みシンボル

SequenceAlignment

SequenceAlignment[s1, s2]
文字列あるいはリスト とリスト 中の一連の要素の選択的なアラインメントを求め，連続するマッチする文字列と異なる文字列を返す．

詳細とオプション詳細とオプション

  • SequenceAlignment[s1, s2]はの形式のリストを返す．ただし，はマッチするセグメントを表す単一の文字列かリスト要素の連続 u，間で異なるセグメントを表すペアのである．
  • SequenceAlignmentは，デフォルトで，完全な文字列またはリスト とリスト の大域的Needleman-Wunsch 配列を求める．
  • オプション設定をMethod->"Local"とすると，局所的Smith-Waterman配列が求まる．
  • 十分によく似ている文字列またはリストの場合，局所的配列メソッドと大域的配列メソッドは同じ結果を返す．
  • 使用可能なオプション：
  • GapPenalty0各アラインメントギャップの余分なコスト
    IgnoreCaseFalse文字列中の大文字小文字の違いを無視するかどうか
    MergeDifferencesTrue近接する差分を組み合せるかどうか
    Method"Global"使用するアラインメントアルゴリズム
    SimilarityRulesAutomatic要素間の類似性の規則
  • SequenceAlignmentは全体としての類似度スコアを最大化する配列を求めようとする．
  • デフォルト設定のSimilarityRules->Automaticでは，2つの要素間の各マッチは全体的な類似度スコアを1大きくし，ミスマッチ，挿入，削除はそれぞれスコアを1小さくする．
  • SimilarityRulesのノートで指摘されているように，さまざまな名前付き類似行列がサポートされている．

例題例題すべて開くすべて閉じる

例 (2)例 (2)

類似した2つの文字列を大域的に整列させる：

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

2本の文字列の大域的アラインメント：

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

同じ文字列の局所的アラインメント：

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

オプション (3)オプション (3)

アプリケーション (2)アプリケーション (2)

トップへ
バージョン 7 の新機能
Send Feedback
Mathematica 9 is now available!

400+ new features, including the new Wolfram Predictive Interface, social network analysis, enterprise CDF deployment, and more »

Try Now
Buy/Upgrade
New to Mathematica? Find your learning path »
Have a question? Ask support »