SequenceAlignment

SequenceAlignment[s1, s2]
求出字符串中或列表 中元素序列的一个最佳对齐排列,产生一个连续匹配以及不同的序列列表.

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  • SequenceAlignment[s1, s2] 给出形式为 的列表,其中每个 是单个字符串或列表元素 u 的序列,表示一个匹配分段,或一对 ,表示不同 之间不同的分段.
  • SequenceAlignment 缺省下求出完全字符串或列表 的一个全局 Needleman-Wunsch 排列.
  • 在选项设置 Method->"Local" 下,它求出一个局部的 Smith-Waterman 对齐排列.
  • 对于足够相似的字符串或列表,局部排列方法或全局排列方法给出相同的结果.
  • 可以给出下列选项:
  • GapPenalty0每次排列间隙的其它代价
    IgnoreCaseFalse是否忽略字符串中的大小写
    MergeDifferencesTrue是否组合相邻差异
    Method"Global"使用的对齐排列算法
    SimilarityRulesAutomatic元素间相似的规则
  • SequenceAlignment 尝试求出一个排列,最大化整体的相似程度.
  • 在缺省设置 SimilarityRules->Automatic 下,两个元素之间的每次完全匹配对整体相似积分增加 1,当每次不匹配、插入或删除,给出-1.
  • 支持不同名称的相似矩阵,就像在 SimilarityRules 中指定的一样.

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例 (2)基本范例 (2)

全局排列两个相似字符串:

In[1]:=
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Out[1]=

全局排列两个字符串:

In[1]:=
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Out[1]=

相同字符串的局部排列:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
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