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SimilarityRules

SimilarityRules
是函数的一个选项，比如 SequenceAlignment，它给出假设元素对之间的相似度的规则列表.

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  • SimilarityRules 的设置必须包含形式为 的规则列表，其中 给出用来比较的元素，v 给出它们的相似分数.
  • 可以是明确的字符或其它元素、或者模式.
  • 的一个规则给出一个删除的分数； 的规则给出一个插入的分数.
  • SimilarityRules->Automatic 实际上等于， 对于任何的相等元素对，给出分数 ，对于任何不匹配、删除或插入，给出分数 .
  • SimilarityRules 的下列名称设置执行不同的相似矩阵，它通常用于特殊的生物信息学目的：
  • "BLAST"核苷酸序列的排列
    "BLOSUM62"相关的氨基酸本地排列
    "BLOSUM80"相似序列的局部排列
    "PAM30"非常相似的氨基酸序列的全局排列
    "PAM70"相关序列的全局排列
    "PAM250"不相似序列的全局排列

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例 (3)基本范例 (3)

对齐两个字符串的第一个 ：

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

选择 替换的方法，按第二个 排列：

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

用缺省的相似分数，得到两个字符串的全局相似度：

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

改变分数，这样 和 被认为是匹配的：

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

用 相似矩阵来全局对齐相关的蛋白质序列：

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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