MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 格式

FASTA (.fasta, .fa, .fna, .fsa, .mpfa)

MIME 类型：chemical/seq-aa-fasta, chemical/seq-na-fasta
FASTA 分子生物学格式.
用于存储和交换 DNA 和蛋白序列的标准格式.
纯文本格式.
把核酸或蛋白序列存储为字符字符串.
使用各种常规代表元信息.
由 William Pearson 和 David Lipman 于1988年开发，作为 FASTA 序列排比软件的一部分.

Import 与 Export 支持 FASTA 文件格式的所有常见变体.

Import 与 Export Import 与 Export

Import["file.fasta"] 从一个 FASTA 文件中导入 DNA 或蛋白质序列.
Export["file.fasta", expr] 把一个序列或序列列表导出至 FASTA 格式.
Import["file.fasta"] 返回一个代表存储在文件中的序列的字符串列表.
Export["file.fasta", str] 把一个代表 DNA 序列的字符字符串导出至 FASTA.
Export["file.fasta", {str₁, str₂, ...}] 导出多个 DNA 序列.
Import["file.fasta", elem] 从一个 FASTA 文件中导入指定的参数.
Import["file.fasta", {elem, sub_a, sub_b, ...}] 导入一个子参数.
Import["file.fasta", {{elem₁, elem₂, ...}}] 导入多个参数.
导入格式可以用 Import["file", "FASTA"] 或 Import["file", {"FASTA", elem, ...}] 指定.
Export["file.fasta", expr, elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 FASTA 文件.
Export["file.fasta", {expr₁, expr₂, ...}, {{elem₁, elem₂, ...}}] 把每一个指定为相应的 .
Export["file.fasta", expr, opt₁->val₁, ...] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
Export["file.fasta", {elem₁->expr₁, elem₂->expr₂, ...}, "Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
Import 与 Export 的完整信息请见参考页.
ImportString 与 ExportString 支持 FASTA 格式.

参数 参数

Import 的通用参数：

	"Elements"	该文件可用的参数和选项列表
	"Rules"	每个参数和选项的完整规则列表
	"Options"	选项、属性和设置的规则列表

表示数据的参数：
"Header" 原始标头行

"Sequence" 字符串列表形式的 DNA 或蛋白序列

"Plaintext" 作为格式化文本的序列
对于 FASTA 格式，默认情况下，Import 使用参数.
其他数据参数：
"Data" 与参数组成的列表

"LabeledData" 用于每个存储在文件中的序列的规则列表
标头行元信息：

	"Accession"	每个序列的 NCBI 登录号
	"Description"	每个序列基因座描述文本
	"GenBankID"	GenBank 数据库标识符
	"Length"	整数列表，表示每个序列的长度

Mathematica 对核酸使用标准的 IUB/IUPAC 缩写：

	A	腺苷（adenosine）
	C	胞苷（cytidine）
	G	鸟嘌呤（guanine）
	T	胸苷（thymidine）
	U	尿嘧啶（uracil）
	R	嘌呤（purine）（G 或 A）
	Y	嘧啶（pyrimidine）（T 或 C）
	K	酮（ketone）（G 或 T）
	M	氨基酸组（amino group）（A 或 C）
	S	强相互作用（strong interaction）（G 或 C）
	W	弱相互作用（weak interaction）（A 或 T）
	B	C 或 G 或 T
	D	A 或 G 或 T
	H	A 或 C 或 T
	V	A 或 C 或 G
	N	任何核酸（nucleic acid）（A 或 C 或 G 或 T）
	-	不定长度的间距

表示氨基酸的代码：

	A	丙氨酸（alanine）（Ala）
	B	天门冬氨酸（aspartic acid）或天冬酰胺（ asparagine）
	C	半胱氨酸（cysteine）（Cys）
	D	天门冬氨酸（aspartic acid）（Asp）
	E	谷氨酸（glutamic acid）（Glu）
	F	苯丙氨酸（phenylalanine）（Phe）
	G	甘氨酸（glycine）（Gly）
	H	组氨酸（histidine）（His）
	I	异亮氨酸（isoleucine）（Ile）
	K	赖氨酸（lysine）（Lys）
	L	亮氨酸（leucine）（Leu）
	M	蛋氨酸（methionine）（Met）
	N	天门冬酰胺（asparagine）（Asn）
	P	脯氨酸（proline）（Pro）
	Q	谷氨酰胺（glutamine）（Gln）
	R	精氨酸（arginine）（Arg）
	S	丝氨酸（serine）（Ser）
	T	苏氨酸（threonine）（Thr）
	U	硒代半胱氨酸（selenocysteine）
	V	缬氨酸（valine）（Val）
	W	色氨酸（tryptophan）（Trp）
	Y	酪氨酸（tyrosine）（Tyr）
	Z	谷氨酸（glutamic acid）或谷氨酰胺（glutamine）
	X	任何氨基酸（amino acid）
	*	翻译（translation）停止
	-	不定长度的间距