Mathematica > 数据处理 > 导入和导出 > GenBank (.gb, .gbk)
MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 格式

GenBank (.gb, .gbk)

MIME 类型：chemical/seq-na-genbank
GenBank 分子生物学格式.
美国国家生物技术信息中心（NCBI）数据库的原始格式.
用于存储和交换注释的 DNA 序列的标准格式.
纯文本格式.
于1982开发，作为 NIH GenBank 项目的一部分.
  • Import 支持 GenBank 文件格式的所有版本.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.gb"] 从一个 GenBank 文件中导入一个 DNA 序列.
  • Import["file.gb"] 返回一个代表存储在文件中的序列的字符串.
  • Import["file.gb", elem] 从一个 GenBank 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.gb", {elem, suba, subb, ...}] 导入一个子参数.
  • Import["file.gb", {{elem1, elem2, ...}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file", "GenBank"] 或 Import["file", {"GenBank", elem, ...}] 指定.
  • Import 与 Export 的完整信息请见参考页.
  • ImportString 支持 GenBank 格式.

参数参数

  • Import 的通用参数：
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • 表示数据的参数：
  • "Features"所有注释序列，以规则的列表形式给出
    "Sequence"字符串形式的 DNA 或蛋白质序列
    "Plaintext"格式化文本形式的序列
    "Comment"关于序列的各种评价
  • 对于 GenBank 格式，默认情况下，Import 使用参数.
  • 元信息参数：
  • "Locus"轨迹描述
    "Definition"GenBank 文件标题
    "NCBIAccession"NCBI 登录号
    "NCBIAccessionVersion"具有版本号的 NCBI 登录号
    "GenBankID"GenBank 数据库识别符
    "Project"序列项目的名称
    "Keywords"关键字列表
    "Organism"文件中被引用的源生物体
    "Segment"序列段，如果被分为多个 GenBank 文件
    "Source"源生物体
    "Reference"数目参考，以规则列表的形式给出
    "Comments"存储在文件中的注解，以字符串的列表形式给出

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例 (6)基本范例 (6)

以下返回一个样本 GenBank 文件中可用的参数：

In[1]:=
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Out[1]=

文件标题：

In[1]:=
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Out[1]=

基本的轨迹信息：

In[1]:=
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Out[1]=

导入关于源生物体的信息：

In[1]:=
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Out[1]=

提取登录号与 GenBank 识别符：

In[2]:=
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Out[2]=

读取 DNA 序列的首字母：

In[3]:=
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Out[3]=

导入序列的纯文本版本：

In[1]:=
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Out[1]//Short=

读取书目参考列表并提取第一个：

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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