HDF5 (.h5)

HDFデータ形式バージョン5.
多次元データ・画像を表す汎用形式.
科学データの保管,管理,交換に使われる.
HDFはHierarchical Data Formatの頭字語である.
U.S. National Center for Supercomputing Applications (NCSA)によって開発された.
バイナリファイル形式.
バージョン4以前のHDFとは非互換である.
  • ImportExportはHDF5ファイル形式をサポートする.
  • Mathematica はHDF5画像をデータ配列として読み書きする.
  • 複合データ構造はImportによって無視される.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file.h5"]はHDF5ファイルをインポートし,ファイルに保管されているデータ名を返す.
  • Export["file.h5", expr]は数値配列をHDF5にエキスポートする.
  • Import["file.h5"]はファイルに含まれている全データ名を表す文字列のリストを返す.
  • Export["file.h5", {expr1, ...}, {"Datasets", {"dataset1", ...}}]はHDF5ファイルを作成し,データ配列を別々のデータとして保管する.
  • Import["file.h5", elem]はHDF5ファイルから指定の要素をインポートする.
  • Import["file.h5", {elem, suba, subb, ...}]は子要素をインポートする.
  • Import["file.h5", {{elem1, elem2, ...}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポート形式はImport["file", "HDF5"]またはImport["file", {"HDF5", elem, ...}]で指定できる.
  • Export["file.h5", expr, elem]expr が要素elem を指定してるとしてHDF5ファイルを作成する.
  • Export["file.h5", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}]は各 が対応する を指定しているとして扱う.
  • Export["file.h5", expr, opt1->val1, ...]は指定の値を持つ指定のオプション要素でexpr をエキスポートする.
  • Export["file.h5", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"]は規則を使ってエキスポートする要素を指定する.
  • ImportExportについての一般的な情報は,関数ページを参照のこと.
  • ImportStringExportStringはHDF5形式をサポートする.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Rules"要素とオプションのそれぞれの規則のリスト
    "Options"オプション,属性,設定の規則のリスト
  • データ表現要素:
  • "Data"配列のリストとしてインポートされた全データ
    "Datasets"全データ名
  • Importはデフォルトで要素をHDF5形式に使用する.
  • データの指定と選択:
  • "Datasets",nn 番目のデータ
    "Datasets",dataset名前付きデータ
  • メタ情報要素:
  • "Annotations"各データのメタ情報
    "DataEncoding"各データをどのように圧縮するかを指定する
    "DataFormat"各データを表すのに使用する型
    "Dimensions"各データのデータ次元
  • に使用できる値:
  • "Integer8"8ビット整数
    "Integer16"16ビット整数
    "Integer32"32ビット整数
    "Integer64"64ビット整数(Importのみ)
    "Integer128"128ビット整数(Importのみ)
    "UnsignedInteger8"8ビット符号なし整数
    "UnsignedInteger16"16ビット符号なし整数
    "UnsignedInteger32"32ビット符号なし整数
    "UnsignedInteger64"64ビット符号なし整数(Importのみ)
    "UnsignedInteger128"128ビット符号なし整数(Importのみ)
    "Real32"IEEE単精度数
    "Real64"IEEE倍精度数
    "Real128"IEEE4倍精度数(Importのみ)
    "String"ASCII文字の文字列(Importのみ)
  • に使用できる値:
  • Noneデータ圧縮は行わない
    "GZIP"GZIP圧縮
    "SZIP"SZIP圧縮(Importのみ)

オプションオプション

  • Exportオプション:
  • "Append"False既存のファイルに追記するかどうか

例題例題すべて開くすべて閉じる

例 (4)例 (4)

サンプルファイルに保管されているデータを示す:

In[1]:=
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Out[1]=

8ビットRGBラスタをインポートし,Imageオブジェクトとして描画する:

In[1]:=
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Out[1]=

行列をHDF5にエキスポートする:

In[1]:=
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Out[1]=
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

ファイルに含まれているデータを示す:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

をインポートする:

In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=

名前付きデータをエキスポートする:

In[1]:=
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Out[1]=

2つの行列をHDF5にエキスポートする:

In[1]:=
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Out[1]=
In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
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