MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 形式

MMCIF (.cif)

MIMEタイプ：chemical/x-cif，chemical/x-mmcif
3次元分子構造モデルファイル．
3D分子モデルの格納と交換のために化学情報(cheminformatics)アプリケーションとWebで使われている．
一般にPDB形式の代替として使用される．
mmCIFはMacromolecular Crystallographic Information Fileからの頭字語である．
CIFファイル形式から派生した．
プレーンテキスト形式．
1990年から1997年の間に国際結晶学連合(International Union of Crystallography)において開発された．

ImportはmmCIF形式のバージョン1.0をサポートする．

ImportとExport ImportとExport

Import["file.cif", "MMCIF"]は，mmCIFファイルを読み込み，分子の定型化されたレンダリングを返す．
Mathematica は高分子のためのさまざまな3次元レンダリングのスタイルを提供する．
Import["file.cif", "MMCIF"]はGraphics3Dオブジェクトを返す．
Import["file.cif", {"MMCIF", elem}]は指定された要素をMMCIFファイルからインポートする．
Import["file.cif", {"MMCIF", elem, sub_a, sub_b, ...}]は子要素をインポートする．
Import["file.cif", {"MMCIF"{elem₁, elem₂, ...}}]は複数の要素をインポートする．
Importについての完全な一般情報は，関数ページを参照のこと．
ImportStringはmmCIF形式をサポートする．

要素 要素

一般的なImport要素：

	"Elements"	ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
	"Rules"	それぞれの要素とオプションについての規則の完全リスト
	"Options"	オプション，属性，設定の規則のリスト

グラフィックス要素：
"Graphics3D" Graphics3Dオブジェクトとして描画されたmmCIFファイル
Importは，要素をデフォルトでmmCIF形式に使用する．
データ表現要素：

	"Residues"	3文字短縮形の配列としての残基列
	"Sequence"	文字列のリストとして与えられる残基列
	"ResidueAtoms"	残留原子のリスト
	"ResidueChainLabels"	鎖ラベルのリスト
	"ResidueRoles"	残留原子の機能的役割
	"ResidueCoordinates"	残留原子の3次元座標
	"Resolution"	模型座標の空間分解能（ピコメーターで）
	"AdditionalAtoms"	鎖の構成要素ではない原子
	"AdditionalCoordinates"	付加原子の3次元座標
	"AdditionalResidues"	3文字省略形の配列としての追加的な残基列
	"SecondaryStructure"	鎖の大規模な構造を表現する規則
	"VertexCoordinates"	原子座標（通常ピコメーターで与えられる）
	"VertexTypes"	分子を構成しているすべての原子あるいはグループ（通常化学要素の省略形のリストとして与えられる）

1つかそれ以上の残基が欠けている不完全な鎖をmmCIFから読み込む場合は，Mathematica はそれを個々の部分鎖の列として表示する．
Mathematica はアミノ酸残基に標準のIUB/IUPAC短縮形を使用する．
同じ分子の複数の3次元模型を表現するmmCIFファイルをインポートする際には，全模型の形状を読み込むために以下のImport 要素を使うことができる：

	"ResidueCoordinatesList"	それぞれの模型についての残基座標
	"AdditionalCoordinatesList"	それぞれの模型についての付加原子の3次元座標
	"VertexCoordinatesList"	それぞれの模型についての原子座標（通常ピコメーターで与えられる）

メタ情報要素：

	"Authors"	ファイルで参照される著者情報
	"DepositionDate"	いつファイルがデータベースに加えられたか
	"PDBClassification"	ファイルヘッダからのPDB分類
	"PDBID	PDBの構造識別文字列
	"References"	書誌参照（規則のリストとして与えられる）
	"Title"	ドキュメントタイトル

オプション オプション

一般的なレンダリングオプション：

ImageSize	Automatic	表示するグラフィックスの全体的な大きさを指定する
Background	White	どの背景色を使うかを指定する
ColorFunction	Automatic	二次構造の可視化の色付けを決定するために適用する関数
ViewPoint	Automatic	3次元模型を見る空間内の視点

デフォルト設定のViewPoint->Automaticで，Mathematica はインポートされた分子模型を見るのに最適な角度を自動的に計算する．
レンダリングスタイルを選択する：
"Rendering" "Structure" 可視化メソッドを指定する
に可能な設定：

	"BallAndStick"	原子と結合を玉と棒の模型として表示する
	"Structure"	タンパク質骨格の定型化されたレンダリング
	"Spacefilling"	重なり合う球として表示された原子
	"Wireframe"	線として描画された結合