MOL (.mol)

MIMEタイプ:chemical/x-mdl-molfile
MDL分子モデルファイル.
3D分子モデルの格納と交換のために化学情報(cheminformatics)アプリケーションとWebで使われている.
プレーンテキスト表形式.
単一の化合物を表す.
原子の座標,化学結合の情報とメタデータを格納している.
Elsevier Molecular Design Limited (MDL)によって管理されている.
  • ImportはMOL形式バージョン2.0および3.0を読み込む.
  • Exportはバージョン2.0のMOLファイルを作成する.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file.mol"]はMOLファイルから分子の模型または構造図をインポートする.
  • Export["file.mol", expr]では分子模型の要素をMOLファイルにエキスポートする.
  • Import["file.mol"]は3D分子模型を読む場合は Graphics3Dオブジェクトを返し,分子の2Dでの表記をインポートする場合はベクトルグラフィックスを返す.
  • Import["file.mol", elem]はMOLファイルより指定された要素をインポートする.
  • Import["file.mol", {elem, suba, subb, ...}]は子要素をインポートする.
  • Import["file.mol", {{elem1, elem2, ...}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポート形式は Import["file", "MOL"]またはImport["file", {"MOL", elem, ...}]で指定できる.
  • Export["file.mol", expr, elem]expr が要素,elem を指定するものとして扱うことにより,MOLファイルを作成する.
  • Export["file.mol", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}]では,それぞれの が対応するを指定するものとして扱われる.
  • Export["file.mol", expr, opt1->val1, ...]は指定値を持つとされる指定のオプション要素と一緒にexpr をエキスポートする.
  • Export["file.mol", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"]は規則を使い,エキスポートされる要素を指定する.
  • ImportExportについての一般的な情報は,関数ページを参照のこと.
  • ImportStringExportStringはMOL形式をサポートしている.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Rules"要素とオプションのそれぞれの規則のリスト
    "Options"オプション,属性,設定の規則のリスト
  • グラフィックス要素:
  • "Graphics3D"分子モデルの3Dレンダリング
    "StructureDiagram"2D構造式
  • Importはデフォルトで3D分子模型を含む3D MOLファイルに要素を使い,を構造式に使う.
  • データ表現要素:
  • "EdgeRules"規則のリストとして与えられる結合データ
    "EdgeTypes"文字列リストとして与えられる結合のタイプ
    "FormalCharges"整数のリストとして与えられる,原子の電荷
    "MassNumbers"同位体の質量数
    "VertexCoordinates"2次元または3次元の原子座標(通常,ピコメーターで与えられている)
    "VertexTypes"通常,化学元素の省略形で与えられる,分子を構成するすべての原子またはグループ
  • Export["file.mol", {vert, coord}, {{"VertexTypes", "VertexCoordinates"}}]は原子の型とその2次元または3次元の座標値の指定からMOLファイルを作成する.
  • メタ情報要素:
  • "Header"このファイルからのヘッダ情報

オプションオプション

  • 一般的なImport要素:
  • ImageSizeAutomatic表示するグラフィックスの全体的なサイズを指定する
    BackgroundWhite使われる背景色を指定する
    ViewPointAutomatic3次元模型を見る空間内の視点
  • デフォルト設定の"ViewPoint"->Automaticで,Mathematica はインポートされた分子の形状を見るのに最適な角度を自動的に計算する.
  • 3Dレンダリングスタイルを選択する:
  • "Rendering""BallAndStick"視覚化のメソッドの指定
  • の可能な設定:
  • "BallAndStick"原子と結合を玉と棒の模型として表示
    "Spacefilling"原子は重なり合う球として表示
    "Wireframe"結合は線として描画

例題例題すべて開くすべて閉じる

例 (2)例 (2)

MOLファイルにあるImport要素を表示する:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

3次元分子模型を玉と棒の模型としてインポートする:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

同じ分子の結合をワイヤフレーム(線)モデルで表示する:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

同じ分子を原子が重なり合う球として表示する:

In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=

分子の2D表記を含むMOLファイルをインポートする場合, Mathematica は,それを自動的に化学構造図として描画する:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

以下は原子の型と構造図の中の2次元の座標値を返す:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

前の出力からMOLファイルを作成する:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=
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