MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 形式

MOL (.mol)

MIMEタイプ：chemical/x-mdl-molfile
MDL分子モデルファイル．
3D分子モデルの格納と交換のために化学情報(cheminformatics)アプリケーションとWebで使われている．
プレーンテキスト表形式．
単一の化合物を表す．
原子の座標，化学結合の情報とメタデータを格納している．
Elsevier Molecular Design Limited (MDL)によって管理されている．

ImportはMOL形式バージョン2.0および3.0を読み込む．
Exportはバージョン2.0のMOLファイルを作成する．

ImportとExport ImportとExport

Import["file.mol"]はMOLファイルから分子の模型または構造図をインポートする．
Export["file.mol", expr]では分子模型の要素をMOLファイルにエキスポートする．
Import["file.mol"]は3D分子模型を読む場合は Graphics3Dオブジェクトを返し，分子の2Dでの表記をインポートする場合はベクトルグラフィックスを返す．
Import["file.mol", elem]はMOLファイルより指定された要素をインポートする．
Import["file.mol", {elem, sub_a, sub_b, ...}]は子要素をインポートする．
Import["file.mol", {{elem₁, elem₂, ...}}]は複数の要素をインポートする．
インポート形式は Import["file", "MOL"]またはImport["file", {"MOL", elem, ...}]で指定できる．
Export["file.mol", expr, elem]はexpr が要素，elem を指定するものとして扱うことにより，MOLファイルを作成する．
Export["file.mol", {expr₁, expr₂, ...}, {{elem₁, elem₂, ...}}]では，それぞれのが対応するを指定するものとして扱われる．
Export["file.mol", expr, opt₁->val₁, ...]は指定値を持つとされる指定のオプション要素と一緒にexpr をエキスポートする．
Export["file.mol", {elem₁->expr₁, elem₂->expr₂, ...}, "Rules"]は規則を使い，エキスポートされる要素を指定する．
ImportとExportについての一般的な情報は，関数ページを参照のこと．
ImportStringとExportStringはMOL形式をサポートしている．

要素 要素

一般的なImport要素：

	"Elements"	ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
	"Rules"	要素とオプションのそれぞれの規則のリスト
	"Options"	オプション，属性，設定の規則のリスト

グラフィックス要素：
"Graphics3D" 分子モデルの3Dレンダリング

"StructureDiagram" 2D構造式
Importはデフォルトで3D分子模型を含む3D MOLファイルに要素を使い，を構造式に使う．
データ表現要素：

	"EdgeRules"	規則のリストとして与えられる結合データ
	"EdgeTypes"	文字列リストとして与えられる結合のタイプ
	"FormalCharges"	整数のリストとして与えられる，原子の電荷
	"MassNumbers"	同位体の質量数
	"VertexCoordinates"	2次元または3次元の原子座標（通常，ピコメーターで与えられている）
	"VertexTypes"	通常，化学元素の省略形で与えられる，分子を構成するすべての原子またはグループ

Export["file.mol", {vert, coord}, {{"VertexTypes", "VertexCoordinates"}}]は原子の型とその2次元または3次元の座標値の指定からMOLファイルを作成する．
メタ情報要素：
"Header" このファイルからのヘッダ情報

オプション オプション

一般的なImport要素：

ImageSize	Automatic	表示するグラフィックスの全体的なサイズを指定する
Background	White	使われる背景色を指定する
ViewPoint	Automatic	3次元模型を見る空間内の視点

デフォルト設定の"ViewPoint"->Automaticで，Mathematica はインポートされた分子の形状を見るのに最適な角度を自動的に計算する．
3Dレンダリングスタイルを選択する：
"Rendering" "BallAndStick" 視覚化のメソッドの指定
の可能な設定：

	"BallAndStick"	原子と結合を玉と棒の模型として表示
	"Spacefilling"	原子は重なり合う球として表示
	"Wireframe"	結合は線として描画