MOL (.mol)

MIME 类型:chemical/x-mdl-molfile
MDL 分子模型文件.
用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页.
纯文本表格格式.
代表一个单一的化合物.
存储原子坐标、化学键信息和元数据.
由 Elsevier Molecular Design Limited (MDL) 维护.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.mol"] 从一个 molfile 导入一个分子模型或结构图.
  • Export["file.mol", expr] 把一个分子模型参数导出至 molfile.
  • Import["file.mol"] 当读取一个三维分子模型时,给出一个 Graphics3D 对象;当导入一个分子的平面表示时给出矢量图形.
  • Import["file.mol", elem] 从一个 molfile 中导入指定的参数.
  • Import["file.mol", {elem, suba, subb, ...}] 导入一个子参数.
  • Import["file.mol", {{elem1, elem2, ...}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file", "MOL"]Import["file", {"MOL", elem, ...}] 指定.
  • Export["file.mol", expr, elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 molfile.
  • Export["file.mol", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}] 把每一个 指定为相应的 .
  • Export["file.mol", expr, opt1->val1, ...] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.mol", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • ImportExport 的完整信息请见参考页.
  • ImportStringExportString 支持 MOL 格式.

参数参数

  • Import 的通用参数:
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • 图形参数:
  • "Graphics3D"分子模型的三维渲染
    "StructureDiagram"二维结构公式
  • 默认情况下,Import 对于包括三维分子模型的 molfile,使用参数,对于结构公式使用.
  • 表示数据的参数:
  • "EdgeRules"连接数据,以规则列表的形式给出
    "EdgeTypes"化学键类型,以字符串的列表形式给出
    "FormalCharges"原子电荷,以整数的列表形式给出
    "MassNumbers"同位素质量数
    "VertexCoordinates"二维或三维原子坐标,一般以皮米为单位
    "VertexTypes"所有组成分子的原子或基团,一般以化学元素的缩写列表表示
  • Export["file.mol", {vert, coord}, {{"VertexTypes", "VertexCoordinates"}}] 按照原子类型和它们的二维或三维坐标的规范创造一个 molfile.
  • 元信息参数:
  • "Header"来自于文件中的标头信息

选项选项

  • Import 的通用选项:
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体大小
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 ViewPoint->AutomaticMathematica 会自动计算导入分子几何形状的最优观察角度.
  • 选择一个三维渲染样式:
  • "Rendering""BallAndStick"指定可视化方法
  • 的可能设置为:
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Spacefilling"显示为叠加球的原子
    "Wireframe"以线渲染的的化学键

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例 (2)基本范例 (2)

显示在 MOL 文件中可用的 Import 参数:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

以球棍模型导入一个三维分子模型:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

以线框模型显示同样分子的化学键:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

把同样的分子显示为空间填充的原子:

In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=

当导入一个包含二维表示的分子的 molfile,Mathematica 自动把它渲染为一个化学结构图:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

以下给出原子类型以及结构图的二维坐标:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

从上面的输出创建一个 molfile:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=
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