MOL2 (.mol2)

MIMEタイプ:chemical/x-mol2
Tripos社のMOL2分子モデルファイル.
ケモインフォマティクスアプリケーションおよびWeb上にて3D分子モデルの保管,交換のために使用される.
SYBYLケモインフォマティクスアプリケーションのネイティブ形式.
プレーンテキスト表形式.
単一の化合物あるいは複数の化合物を表す.
原子座標,化学結合情報,メタデータを保持する.
  • ImportExportはMOL2ファイル形式を完全にサポートする.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file.mol2"]は分子の模型あるいは構造図のリストをMOL2ファイルからインポートする.
  • Export["file.mol2", expr]は分子模型の要素をMOL2ファイルにエキスポートする.
  • Import["file.mol2"]は,3次元分子模型を読み込む場合はGraphics3Dオブジェクトのリストを返し,分子の平面的な表記(2次元表記)をインポートする場合はベクトルグラフィックスを返す.
  • Import["file.mol2", elem]はMOL2ファイルから指定された要素をインポートする.
  • Import["file.mol2", {elem, suba, subb, ...}]は子要素をインポートする.
  • Import["file.mol2", {{elem1, elem2, ...}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポート形式はImport["file", "MOL2"]あるいはImport["file", {"MOL2", elem, ...}]で指定できる.
  • Export["file.mol2", expr, elem]expr が要素 elem を指定するものとして扱って,MOL2ファイルを作成する.
  • Export["file.mol2", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}]では,それぞれの が対応する を指定するものとして扱われる.
  • Export["file.mol2", expr, opt1->val1, ...]は指定値を持つとされる指定のオプション要素と一緒に expr をエキスポートする.
  • Export["file.mol2", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"]は規則を使い,エキスポートされる要素を指定する.
  • ImportExportについての完全な一般情報は,関数ページを参照のこと.
  • ImportStringExportStringはMOL2形式をサポートする.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Rules"それぞれの要素とオプションの規則の完全リスト
    "Options"オプション,属性,設定の規則のリスト
  • グラフィックス要素:
  • "Graphics3D"ファイルに保持されたすべての分子模型の3Dレンダリング
    "Graphics3D", nn 番目の分子の3Dレンダリング
    "StructureDiagram"すべての分子模型の2D構造式
  • Importはデフォルトでファイルが3次元模型を表す場合は要素を使用し,平面化合物にはを使う.
  • データ表現要素:
  • "EdgeRules"規則のリストのリストとして与えられる,結合性データ
    "EdgeTypes"文字列のリストのリストとして与えられる結合タイプ
    "VertexCoordinates"原子座標(通常ピコメーターで与えられる)
    "VertexTypes"分子を構成するすべての原子あるいはグループ(通常,化学元素の省略形のリストとして与えられる)
    "PartialCharges"実数のリストとして与えられる原子の電荷
    "Residues"3文字省略形のリストのリストとして与えられる残基列
    "Sequence"文字列のリストとして与えられる残基列
    "ResidueAtoms"残留原子のリストのリスト
    "ResidueCoordinates"残留原子の3次元座標
    "ResidueCharges"で与えられる原子の電荷
  • Export["file.mol2", {vert, coord}, {{"ResidueAtoms", "ResidueCoordinates"}}]は原子の型とその二次元あるいは三次元の座標の指定からMOL2ファイルを作成する.

オプションオプション

  • 一般的なImportオプション:
  • ImageSizeAutomatic表示するグラフィックスの全体的なサイズを指定する
    BackgroundWhiteどの背景色を使用するかを指定する
    ViewPointAutomatic3次元模型を見る空間内の視点
  • デフォルト設定の"ViewPoint"->Automaticで,Mathematica はインポートされた分子の形状を見るのに最適な角度を自動的に計算する.
  • 3Dレンダリングスタイルを選択する:
  • "Rendering""BallAndStick"可視化メソッドを指定する
  • に可能な設定:
  • "BallAndStick"原子と結合を玉と棒の模型として表示する
    "Spacefilling"重なり合う球として表示された原子
    "Wireframe"線として描画された結合

例題例題すべて開くすべて閉じる

例 (2)例 (2)

MOL2ファイルを3次元の玉と棒の模型としてインポートする:

In[1]:=
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Out[1]=

MOL2ファイルで使えるImport要素を表示する:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

分子を構成する原子のリストを返す:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=
In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=

分子をインポートし,構造図としてそれを描画する:

In[5]:=
Click for copyable input
Out[5]=

以下でこのファイル中のすべての分子について残留原子の型とその3次元座標を求める:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

以下では前の出力からMOL2ファイルを作成する(残留原子名のデフォルト値は"Unk"で,デフォルトの原子電荷は0である):

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
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