MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 形式

MOL2 (.mol2)

MIMEタイプ：chemical/x-mol2
Tripos社のMOL2分子モデルファイル．
ケモインフォマティクスアプリケーションおよびWeb上にて3D分子モデルの保管，交換のために使用される．
SYBYLケモインフォマティクスアプリケーションのネイティブ形式．
プレーンテキスト表形式．
単一の化合物あるいは複数の化合物を表す．
原子座標，化学結合情報，メタデータを保持する．

ImportとExportはMOL2ファイル形式を完全にサポートする．

ImportとExport ImportとExport

Import["file.mol2"]は分子の模型あるいは構造図のリストをMOL2ファイルからインポートする．
Export["file.mol2", expr]は分子模型の要素をMOL2ファイルにエキスポートする．
Import["file.mol2"]は，3次元分子模型を読み込む場合はGraphics3Dオブジェクトのリストを返し，分子の平面的な表記（2次元表記）をインポートする場合はベクトルグラフィックスを返す．
Import["file.mol2", elem]はMOL2ファイルから指定された要素をインポートする．
Import["file.mol2", {elem, sub_a, sub_b, ...}]は子要素をインポートする．
Import["file.mol2", {{elem₁, elem₂, ...}}]は複数の要素をインポートする．
インポート形式はImport["file", "MOL2"]あるいはImport["file", {"MOL2", elem, ...}]で指定できる．
Export["file.mol2", expr, elem]は expr が要素 elem を指定するものとして扱って，MOL2ファイルを作成する．
Export["file.mol2", {expr₁, expr₂, ...}, {{elem₁, elem₂, ...}}]では，それぞれのが対応するを指定するものとして扱われる．
Export["file.mol2", expr, opt₁->val₁, ...]は指定値を持つとされる指定のオプション要素と一緒に expr をエキスポートする．
Export["file.mol2", {elem₁->expr₁, elem₂->expr₂, ...}, "Rules"]は規則を使い，エキスポートされる要素を指定する．
ImportとExportについての完全な一般情報は，関数ページを参照のこと．
ImportStringとExportStringはMOL2形式をサポートする．

要素 要素

一般的なImport要素：

	"Elements"	ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
	"Rules"	それぞれの要素とオプションの規則の完全リスト
	"Options"	オプション，属性，設定の規則のリスト

グラフィックス要素：

	"Graphics3D"	ファイルに保持されたすべての分子模型の3Dレンダリング
	"Graphics3D", n	n 番目の分子の3Dレンダリング
	"StructureDiagram"	すべての分子模型の2D構造式

Importはデフォルトでファイルが3次元模型を表す場合は要素を使用し，平面化合物にはを使う．
データ表現要素：

	"EdgeRules"	規則のリストのリストとして与えられる，結合性データ
	"EdgeTypes"	文字列のリストのリストとして与えられる結合タイプ
	"VertexCoordinates"	原子座標（通常ピコメーターで与えられる）
	"VertexTypes"	分子を構成するすべての原子あるいはグループ（通常，化学元素の省略形のリストとして与えられる）
	"PartialCharges"	実数のリストとして与えられる原子の電荷
	"Residues"	3文字省略形のリストのリストとして与えられる残基列
	"Sequence"	文字列のリストとして与えられる残基列
	"ResidueAtoms"	残留原子のリストのリスト
	"ResidueCoordinates"	残留原子の3次元座標
	"ResidueCharges"	で与えられる原子の電荷

Export["file.mol2", {vert, coord}, {{"ResidueAtoms", "ResidueCoordinates"}}]は原子の型とその二次元あるいは三次元の座標の指定からMOL2ファイルを作成する．

オプション オプション

一般的なImportオプション：

ImageSize	Automatic	表示するグラフィックスの全体的なサイズを指定する
Background	White	どの背景色を使用するかを指定する
ViewPoint	Automatic	3次元模型を見る空間内の視点

デフォルト設定の"ViewPoint"->Automaticで，Mathematica はインポートされた分子の形状を見るのに最適な角度を自動的に計算する．
3Dレンダリングスタイルを選択する：
"Rendering" "BallAndStick" 可視化メソッドを指定する
に可能な設定：

	"BallAndStick"	原子と結合を玉と棒の模型として表示する
	"Spacefilling"	重なり合う球として表示された原子
	"Wireframe"	線として描画された結合