MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 格式

MOL2 (.mol2)

MIME 类型：chemical/x-mol2
Tripos MOL2 分子模型文件.
用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页.
SYBYL 化学信息应用程序的原格式.
纯文本表格格式.
代表一个单一的化合物或多个化合物.
存储原子坐标、化学键信息和元数据.

Import 与 Export 完全支持 MOL2 文件格式.

Import 与 Export Import 与 Export

Import["file.mol2"] 从一个 MOL2 文件中导入分子模型或结构图的列表.
Export["file.mol2", expr] 把分子模型的参数导出至 MOL2 文件.
Import["file.mol2"] 当读取一个三维分子模型时，给出一个 Graphics3D 对象；当导入一个分子的平面表示时给出矢量图形.
Import["file.mol2", elem] 从一个 MOL2 中导入指定的参数.
Import["file.mol2", {elem, sub_a, sub_b, ...}] 导入一个子参数.
Import["file.mol2", {{elem₁, elem₂, ...}}] 导入多个参数.
导入格式可以由 Import["file", "MOL2"] 或 Import["file", {"MOL2", elem, ...}] 指定.
Export["file.mol2", expr, elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 MOL2 文件.
Export["file.mol2", {expr₁, expr₂, ...}, {{elem₁, elem₂, ...}}] 把每一个指定为相应的 .
Export["file.mol2", expr, opt₁->val₁, ...] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
Export["file.mol2", {elem₁->expr₁, elem₂->expr₂, ...}, "Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
Import 与 Export 的完整信息请见参考页.
ImportString 与 ExportString 支持 MOL2 格式.

参数 参数

Import 的通用参数：

	"Elements"	该文件可用的参数和选项列表
	"Rules"	每个参数和选项的完整规则列表
	"Options"	选项、属性和设置的规则列表

图形参数：

	"Graphics3D"	存储在文件中的所有分子模型的三维渲染
	"Graphics3D", n	第 n 个分子的三维渲染
	"StructureDiagram"	所有分子模型的二维结构公式

默认情况下，如果文件表示一个三维模型，Import 使用参数，平面化合物则使用.
表示数据的参数：

	"EdgeRules"	连接数据，以规则列表的形式给出
	"EdgeTypes"	化学键类型，以字符串的列表的列表形式给出
	"VertexCoordinates"	原子坐标，一般以皮米为单位
	"VertexTypes"	所有组成分子的原子或基团，一般以化学元素的缩写列表表示
	"PartialCharges"	原子电荷，以实数的列表形式给出
	"Residues"	以三个字母缩写列表的列表表示的残基序列
	"Sequence"	残基序列，以字符串的列表形式给出
	"ResidueAtoms"	残基原子列表的列表
	"ResidueCoordinates"	残基原子的三维坐标
	"ResidueCharges"	由给出的原子电荷

Export["file.mol2", {vert, coord}, {{"ResidueAtoms", "ResidueCoordinates"}}] 从原子类型以及它们的二维或三维坐标规范中创建一个 MOL2 文件.

选项 选项

Import 的通用选项：

	ImageSize	Automatic	指定图形显示的整体大小
	Background	White	指定使用何种背景颜色
	ViewPoint	Automatic	观看三维模型的空间点

默认设置为 ViewPoint->Automatic，Mathematica 会自动计算导入分子几何形状的最优观察角度.
选择一个三维渲染样式：
"Rendering" "BallAndStick" 指定可视化方法
的可能设置为：
"BallAndStick" 以球棍模型显示原子和化学键

"Spacefilling" 显示为叠加球的原子

"Wireframe" 以线渲染的的化学键

参见 参见

"FASTA" "GenBank" "MMCIF" "MOL" "PDB" "SDF" "SMILES" "XYZ"

相关指南 相关指南

范例 范例 打开所有单元 关闭所有单元

基本范例 (2)基本范例 (2)

以一个三维球棍模型导入一个 MOL2 文件：

Out[1]=

显示在 MOL2文件中可用的 Import参数：

Out[2]=

以下给出构成一个分子的原子列表：

Out[3]=

Out[4]=

导入分子并把它渲染为一个结构图：

Out[5]=

以下给出残基原子类型以及文件中所有分子的三维坐标：

Out[1]=

从上面的输出创建一个 MOL2 文件（残基名称的默认值为"Unk"，默认的原子电荷为0）：

Out[2]=

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