MOL2 (.mol2)

MIME 类型:chemical/x-mol2
Tripos MOL2 分子模型文件.
用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页.
SYBYL 化学信息应用程序的原格式.
纯文本表格格式.
代表一个单一的化合物或多个化合物.
存储原子坐标、化学键信息和元数据.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.mol2"] 从一个 MOL2 文件中导入分子模型或结构图的列表.
  • Export["file.mol2", expr] 把分子模型的参数导出至 MOL2 文件.
  • Import["file.mol2"] 当读取一个三维分子模型时,给出一个 Graphics3D 对象;当导入一个分子的平面表示时给出矢量图形.
  • Import["file.mol2", elem] 从一个 MOL2 中导入指定的参数.
  • Import["file.mol2", {elem, suba, subb, ...}] 导入一个子参数.
  • Import["file.mol2", {{elem1, elem2, ...}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file", "MOL2"]Import["file", {"MOL2", elem, ...}] 指定.
  • Export["file.mol2", expr, elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 MOL2 文件.
  • Export["file.mol2", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}] 把每一个 指定为相应的 .
  • Export["file.mol2", expr, opt1->val1, ...] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.mol2", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • ImportExport 的完整信息请见参考页.
  • ImportStringExportString 支持 MOL2 格式.

参数参数

  • Import 的通用参数:
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • 图形参数:
  • "Graphics3D"存储在文件中的所有分子模型的三维渲染
    "Graphics3D", nn 个分子的三维渲染
    "StructureDiagram"所有分子模型的二维结构公式
  • 默认情况下,如果文件表示一个三维模型,Import 使用参数,平面化合物则使用.
  • 表示数据的参数:
  • "EdgeRules"连接数据,以规则列表的形式给出
    "EdgeTypes"化学键类型,以字符串的列表的列表形式给出
    "VertexCoordinates"原子坐标,一般以皮米为单位
    "VertexTypes"所有组成分子的原子或基团,一般以化学元素的缩写列表表示
    "PartialCharges"原子电荷,以实数的列表形式给出
    "Residues"以三个字母缩写列表的列表表示的残基序列
    "Sequence"残基序列,以字符串的列表形式给出
    "ResidueAtoms"残基原子列表的列表
    "ResidueCoordinates"残基原子的三维坐标
    "ResidueCharges"给出的原子电荷
  • Export["file.mol2", {vert, coord}, {{"ResidueAtoms", "ResidueCoordinates"}}] 从原子类型以及它们的二维或三维坐标规范中创建一个 MOL2 文件.

选项选项

  • Import 的通用选项:
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体大小
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 ViewPoint->AutomaticMathematica 会自动计算导入分子几何形状的最优观察角度.
  • 选择一个三维渲染样式:
  • "Rendering""BallAndStick"指定可视化方法
  • 的可能设置为:
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Spacefilling"显示为叠加球的原子
    "Wireframe"以线渲染的的化学键

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例 (2)基本范例 (2)

以一个三维球棍模型导入一个 MOL2 文件:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

显示在 MOL2文件中可用的 Import参数:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

以下给出构成一个分子的原子列表:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=
In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=

导入分子并把它渲染为一个结构图:

In[5]:=
Click for copyable input
Out[5]=

以下给出残基原子类型以及文件中所有分子的三维坐标:

In[1]:=
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Out[1]=

从上面的输出创建一个 MOL2 文件(残基名称的默认值为"Unk",默认的原子电荷为0):

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=
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