MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 形式

NEXUS (.nex，.nxs)

NEXUS系統生物学ファイル形式．
一般に系統学データの保管と交換に使われる．
DNAおよびタンパク質配列，分類群間の距離，類似度，系統樹を保管することができる．
ASCII形式．
ユーザによる拡張が可能．
1990年代に開発された．

ImportはNEXUSファイルから配列データ，距離行列を読むことができる．
Exportは配列データをNEXUS形式に変換することができる．

ImportとExport ImportとExport

Import["file.nex"]はNEXUSファイルからDNAまたはタンパク質配列をインポートする．
Export["file.nex", expr]は配列または配列のリストをNEXUSファイルにエキスポートする．
Import["file.nex"]はファイルに保管されている配列を表す文字列のリストを返す．
Export["file.nex", str]はDNA配列またはタンパク質配列を表す文字列をNEXUSにエキスポートする．
Export["file.nex", {str₁, str₂, ...}]は複数の配列をエキスポートする．
Import["file.nex", elem]はNEXUSファイルから指定の要素をインポートする．
Import["file.nex", {"elem", "sub", ...}]は子要素をインポートする．
Import["file.nex", {{elem₁, elem₂, ...}}]は複数の要素をインポートする．
インポート形式はImport["file", "NEXUS"]またはImport["file", {"NEXUS", elem, ...}]で指定できる．
Export["file.nex", expr, elem]は expr が要素 elem を指定するものとして扱って，NEXUSファイルを作成する．
Export["file.nex", {expr₁, expr₂, ...}, {{elem₁, elem₂, ...}}]はそれぞれのが対応するを指定するものとして扱う．
Export["file.nex", expr, opt₁->val₁, ...]は指定されたオプションの要素が指定された値を取るものとして expr をエキスポートする．
Export["file.nex", {elem₁->expr₁, elem₂->expr₂, ...}, "Rules"]は規則を使ってエキスポートする要素を指定する．
ImportとExportについての一般情報は関数ページを参照のこと．
ImportStringとExportStringはNEXUS形式をサポートする．

要素 要素

一般的なImport要素：

	"Elements"	このファイルで利用できる要素とオプションのリスト
	"Rules"	各要素とオプションの規則の完全リスト
	"Options"	オプション，属性，設定の規則のリスト

データ表現要素：

	"DistanceMatrix"	数値行列として与えられる分類群間の距離
	"Sequence"	文字列のリストとして与えられる配列
	"Taxa"	分類群名