NEXUS (.nex,.nxs)

NEXUS系統生物学ファイル形式.
一般に系統学データの保管と交換に使われる.
DNAおよびタンパク質配列,分類群間の距離,類似度,系統樹を保管することができる.
ASCII形式.
ユーザによる拡張が可能.
1990年代に開発された.
  • ImportはNEXUSファイルから配列データ,距離行列を読むことができる.
  • Exportは配列データをNEXUS形式に変換することができる.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file.nex"]はNEXUSファイルからDNAまたはタンパク質配列をインポートする.
  • Export["file.nex", expr]は配列または配列のリストをNEXUSファイルにエキスポートする.
  • Import["file.nex"]はファイルに保管されている配列を表す文字列のリストを返す.
  • Export["file.nex", str]はDNA配列またはタンパク質配列を表す文字列をNEXUSにエキスポートする.
  • Export["file.nex", {str1, str2, ...}]は複数の配列をエキスポートする.
  • Import["file.nex", elem]はNEXUSファイルから指定の要素をインポートする.
  • Import["file.nex", {"elem", "sub", ...}]は子要素をインポートする.
  • Import["file.nex", {{elem1, elem2, ...}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポート形式はImport["file", "NEXUS"]またはImport["file", {"NEXUS", elem, ...}]で指定できる.
  • Export["file.nex", expr, elem]expr が要素 elem を指定するものとして扱って,NEXUSファイルを作成する.
  • Export["file.nex", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}]はそれぞれの が対応する を指定するものとして扱う.
  • Export["file.nex", expr, opt1->val1, ...]は指定されたオプションの要素が指定された値を取るものとして expr をエキスポートする.
  • Export["file.nex", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"]は規則を使ってエキスポートする要素を指定する.
  • ImportExportについての一般情報は関数ページを参照のこと.
  • ImportStringExportStringはNEXUS形式をサポートする.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"このファイルで利用できる要素とオプションのリスト
    "Rules"各要素とオプションの規則の完全リスト
    "Options"オプション,属性,設定の規則のリスト
  • データ表現要素:
  • "DistanceMatrix"数値行列として与えられる分類群間の距離
    "Sequence"文字列のリストとして与えられる配列
    "Taxa"分類群名
  • Importはデフォルトで要素を使用する.
  • その他のデータ要素:
  • "Data"リストに組み合された要素と要素
    "LabeledData"ファイルに保管された各分類群および配列の規則のリスト
  • Mathematica は核酸とアミノ酸については標準のIUB/IUPAC略記を使う.詳細は"FASTA"の関数ページを参照のこと.

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例 (6)例 (6)

NEXUSファイルから配列データをインポートする:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

分類群名と配列データを規則のリストとしてインポートする:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

DNA配列をNEXUS形式にエキスポートする:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

DNA配列と明示的な分類群名のペアをエキスポートする:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

ファイルに保管されている分類群の名前と距離行列を返す:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

分類群名と配列データをペアでインポートする:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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