MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 格式

NEXUS (.nex, .nxs)

NEXUS 演化文件格式.
常用于存储和交换演化数据.
可用于存储 DNA 和蛋白序列、分类群距离、对齐谱线和系统发生树.
ASCII 格式.
允许用户扩展.
于20世纪90年代开发.

Import 可以从 NEXUS 文件中读取序列数据和距离矩阵.
Export 把序列数据转换成 NEXUS 格式.

Import 与 Export Import 与 Export

Import["file.nex"] 从一个 NEXUS 文件导入 DNA 或蛋白序列.
Export["file.nex", expr] 把一个序列或序列列表导出到 NEXUS 文件.
Import["file.nex"] 返回表示存储在文件中的序列的字符串列表.
Export["file.nex", str] 把表示 DNA 或蛋白序列的字母字符串导出到 NEXUS.
Export["file.nex", {str₁, str₂, ...}] 导出多个序列.
Import["file.nex", elem] 从一个 NEXUS 文件导入指定的参数.
Import["file.nex", {"elem", "sub", ...}] 导入一个子参数.
Import["file.nex", {{elem₁, elem₂, ...}}] 导入多个参数.
导入格式可以由 Import["file", "NEXUS"] 或 Import["file", {"NEXUS", elem, ...}] 指定.
Export["file.nex", expr, elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 NEXUS 文件.
Export["file.nex", {expr₁, expr₂, ...}, {{elem₁, elem₂, ...}}] 把每一个指定为相应的 .
Export["file.nex", expr, opt₁->val₁, ...] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
Export["file.nex", {elem₁->expr₁, elem₂->expr₂, ...}, "Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
Import 与 Export 的完整信息请见参考页.
ImportString 与 ExportString 支持 NEXUS 格式.

参数 参数

Import 的通用参数：

	"Elements"	该文件可用的参数和选项列表
	"Rules"	每个参数和选项的完整规则列表
	"Options"	选项、属性和设置的规则列表

表示数据的参数：
"DistanceMatrix" 分类群距离，以数值矩阵形式表示

"Sequence" 字符串列表形式表示的序列

"Taxa" 分类群名称
默认情况下，Import 使用参数.
其他数据参数：
"Data" 组合成一个列表的与参数

"LabeledData" 存储在文件中每个分类群和序列的规则列表
Mathematica 对于核酸和氨基酸使用标准的 IUB/IUPAC 缩写. "FASTA" 的详细信息请见参考页.

参见 参见

"FASTA" "GenBank"

相关指南 相关指南

范例 范例 打开所有单元 关闭所有单元

基本范例 (6)基本范例 (6)

从一个 NEXUS 文件中导入序列数据：

Out[1]=

以规则列表形式导入分类群的名称和序列数据：

Out[1]=

把 DNA 序列导出为 NEXUS 格式：

Out[1]=

导出一对具有明确分类群名称的 DNA 序列：

Out[1]=

返回存储在文件中的分类群名称以及距离矩阵：

Out[1]=

按对导入分类群名称和序列数据：

Out[1]=

Top

版本 8 的新功能

Mathematica 9 is now available!

400+ new features, including the new Wolfram Predictive Interface, social network analysis, enterprise CDF deployment, and more »

Try Now

Buy/Upgrade

New to Mathematica? Find your learning path »

Have a question? Ask support »

© 2013 About Wolfram