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| MIME type: chemical/x-pdb Protein Data BankのPDBファイル． 3次元分子模型のファイル． 生物情報学のアプリケーション内やWeb上で，分子模型を保持したり，交換したりするのに使用される． PDBはProtein Data Bank（タンパク質データバンク）の頭字語である． プレーンテキスト形式． タンパク質や核酸等の大きな生体分子の構造情報を保持する． 化学結合の情報は保持しない． 1971年にBrookhaven National Laboratoryで開発された．. Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)で管理されている． |
| "Graphics3D" | Graphics3Dオブジェクトとして描画されるPDBファイル |
| "Residues" | 3文字短縮形の配列としての残基列 | |
| "Sequence" | 文字列のリストとして与えられる残基列 | |
| "ResidueAtoms" | 残留原子のリスト | |
| "ResidueChainLabels" | 鎖ラベルのリスト | |
| "ResidueRoles" | 残留原子の機能的役割 | |
| "ResidueCoordinates" | 残留原子の3次元座標 | |
| "AdditionalAtoms" | 鎖の構成要素ではない原子 | |
| "AdditionalCoordinates" | 付加原子の3次元座標 | |
| "SecondaryStructure" | 鎖の大規模な構造を表現する規則 | |
| "VertexCoordinates" | 原子座標（通常ピコメーターで与えられる） | |
| "VertexTypes" | 分子を構成しているすべての原子あるいはグループ（通常化学要素の短縮形のリストで与えられる） |
| A | アラニン (Ala) | |
| C | システイン (Cys) | |
| D | アスパラギン酸 (Asp) | |
| E | グルタミン酸 (Glu) | |
| F | フェニルアラニン (Phe) | |
| G | グリシン (Gly) | |
| H | ヒスチジン (His) | |
| I | イソロイシン (Ile) | |
| K | リジン (Lys) | |
| L | ロイシン (Leu) | |
| M | メチオニン (Met) | |
| N | アスパラギン (Asn) | |
| P | プロリン (Pro) | |
| Q | グルタミン (Gln) | |
| R | アルギニン (Arg) | |
| S | セリン (Ser) | |
| T | トレオニン (Thr) | |
| V | バリン (Val) | |
| W | トリプトファン (Trp) | |
| Y | チロシン (Tyr) | |
| X | 詳細不明あるいは未知のアミノ酸 (Unk) |
| "ResidueCoordinatesList" | それぞれの模型についての残基座標 | |
| "AdditionalCoordinatesList" | それぞれの模型についての付加原子の3次元座標 | |
| "VertexCoordinatesList" | それぞれの模型についての原子座標（通常ピコメーターで与えられる） |
| ImageSize | Automatic | 表示するグラフィックスの全体的な大きさを指定する | |
| Background | White | どの背景色を使うかを指定する | |
| ColorFunction | Automatic | 二次構造の可視化の色付けを決定するために適用する関数 | |
| ViewPoint | Automatic | 3次元模型を見る空間点 |
大きなPDBファイルをRCSB Protein Data BankのWebサイトからインポートする：
このPDBファイルのタイトルを読み込む：
上記の分子でそれぞれの鎖のラベルをインポートする：
より小さなサンプルファイル内で使用可能なImport 要素を示す：
このファイルで参照される有機体の名前を得る：
残基列をインポートする：
以下は同じ列を1文字の短縮形の文字列として返す：
この分子に関する構造情報を得る：
定型化された形でタンパク質骨格を示す：
それぞれの残基について標準色を使って，同じタンパク質を示す：
以下ではサンプルファイルを玉と棒のグラフィックスでインポートする：
同じタンパク質をワイヤフレーム模型で示す：
残基データをインポートする：
以下ではサンプルファイルをインポートして，原子を空間充填の球体として描画する：
DNA模型をインポートする：
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| © 2008 Wolfram Research, Inc. | 
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例
