MATHEMATICA IMPORT/EXPORT 形式

SMILES (.smi)

MIMEタイプ：chemical/x-daylight-smiles
SMILES化学形式．
化学分子の構造を表すのによく使われる．
SMILESはSimplified Molecular Input Line Entry Specificationの頭字語である．
化学情報アプリケーションおよび化学データベースの中で化学式を表すのに使用される．
ASCII形式．
線形表記法を使って，分子の結合性グラフを表示する．
複数の分子のデータが保管できる．
1980年代にArthur WeiningerとDavid Weiningerによって開発された．

ImportはSMILES形式の標準的なバージョンと異性体バージョンを読み込むことができる．

ImportとExport ImportとExport

Import["file.smi"]は任意の数のSMILES文字列を含むファイルをインポートする．
Import["file.smi"]はSMILESデータを化学分子のグラフ構造を表す Mathematica 式のリストに変換する．
Import["file.smi", elem]はSMILESから指定の要素をインポートする．
Import["file.smi", {{elem₁, elem₂, ...}}]は複数の要素をインポートする．
インポートの形式はImport["file", "SMILES"]あるいはImport["file", {"SMILES", elem, ...}]を使って指定することができる．
Importについての完全で一般的な情報は，関数ページを参照のこと．
ImportString[string, "SMILES"]はSMILES文字列を式に変換する．

要素 要素

一般的なImport要素：
"Elements" このファイルで有効な要素とオプションのリスト

"Rules" それぞれの要素とオプションの規則の完全リスト
ImportはSMILESから変換する際にデフォルトで要素を使う．
データ表現要素：

	"EdgeRules"	結合性データ（規則のリストとして与えられる）
	"EdgeTypes"	文字列のリストとして与えられる結合の型
	"FormalCharges"	で与えられる原子電荷
	"VertexTypes"	分子を構成するすべての原子あるいはグループ（通常，化学元素省略形のリストとして与えられる）