SMILES (.smi)

MIMEタイプ:chemical/x-daylight-smiles
SMILES化学形式.
化学分子の構造を表すのによく使われる.
SMILESはSimplified Molecular Input Line Entry Specificationの頭字語である.
化学情報アプリケーションおよび化学データベースの中で化学式を表すのに使用される.
ASCII形式.
線形表記法を使って,分子の結合性グラフを表示する.
複数の分子のデータが保管できる.
1980年代にArthur WeiningerとDavid Weiningerによって開発された.
  • ImportはSMILES形式の標準的なバージョンと異性体バージョンを読み込むことができる.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file.smi"]は任意の数のSMILES文字列を含むファイルをインポートする.
  • Import["file.smi"]はSMILESデータを化学分子のグラフ構造を表す Mathematica 式のリストに変換する.
  • Import["file.smi", elem]はSMILESから指定の要素をインポートする.
  • Import["file.smi", {{elem1, elem2, ...}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポートの形式はImport["file", "SMILES"]あるいはImport["file", {"SMILES", elem, ...}]を使って指定することができる.
  • Importについての完全で一般的な情報は,関数ページを参照のこと.
  • ImportString[string, "SMILES"]はSMILES文字列を式に変換する.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"このファイルで有効な要素とオプションのリスト
    "Rules"それぞれの要素とオプションの規則の完全リスト
  • ImportはSMILESから変換する際にデフォルトで要素を使う.
  • データ表現要素:
  • "EdgeRules"結合性データ(規則のリストとして与えられる)
    "EdgeTypes"文字列のリストとして与えられる結合の型
    "FormalCharges"で与えられる原子電荷
    "VertexTypes"分子を構成するすべての原子あるいはグループ(通常,化学元素省略形のリストとして与えられる)

例題例題すべて開くすべて閉じる

例 (3)例 (3)

カフェインのSMILES文字列をインポートする:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

ChemicalDataは一般的な化学物質すべてについてSMILESデータを持つ:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

ImportあるいはImportStringで与えられたデータはGraphPlotの入力として使うことができる:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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