SMILES (.smi)

MIME 类型:chemical/x-daylight-smiles
SMILES 化学格式.
常用于描述化学分子结构.
SMILES 是 Simplified Molecular Input Line Entry Specification(简化分子线性输入规范)的缩写.
用于化学信息应用程序和化学数据库表示化学公式.
ASCII 格式.
用于线性符号表示分子的连接图.
可存储多个分子的数据.
20世纪80年代由 Arthur Weininger 和 David Weininger 开发.
  • Import 可以读取 SMILES 格式的规范和同分异构版本.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.smi"] 导入包含 SMILES 字符串的任意数的文件.
  • Import["file.smi"] 把 SMILES 数据转换成表示化学分子图结构的 Mathematica 表达式列表.
  • Import["file.smi", elem] 从一个 SMILES 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.smi", {{elem1, elem2, ...}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file", "SMILES"]Import["file", {"SMILES", elem, ...}] 指定.
  • Import 的完整信息请见参考页.
  • ImportString[string, "SMILES"] 把一个 SMILES 字符串转换成一个表达式.

参数参数

  • Import 的通用参数:
  • "Elements"该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
  • 默认情况下,当从 SMILES 转换,Import 使用参数.
  • 表示数据的参数:
  • "EdgeRules"连接数据,以规则列表的列表形式给出
    "EdgeTypes"化学键类型,以字符串的列表的列表形式给出
    "FormalCharges"给出的原子电荷
    "VertexTypes"所有组成分子的原子或基团,一般以化学元素的缩写列表表示

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例 (3)基本范例 (3)

导入咖啡因的 SMILES 字符串:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

ChemicalData 具有所有常用化学物质的 SMILES 数据:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=

ImportImportString 给出的数据可用作 GraphPlot 的输入:

In[1]:=
Click for copyable input
Out[1]=
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