XYZ (.xyz)

MIMEタイプ:chemical/x-xyz
XMOL分子模型ファイル.
化学情報科学のアプリケーションやWeb上で3D分子模型を保持したり交換したりするのに使われる.
プレーンテキスト表形式.
単一の化合物を表す.
原子座標とメタ情報を保持する.
化学結合情報は保持しない.
1990年にMinnesota Supercomputer Centerで開発された.
  • ImportExportは完全にXYZ形式をサポートする.

ImportとExportImportとExport

  • Import["file.xyz"]はXYZ分子模型を読み取り,その視覚表示を返す.
  • Export["file.xyz", expr]は分子模型の要素をXYZファイルにエキスポートする.
  • Import["file.xyz"]Graphics3Dオブジェクトを返す.
  • Import["file.xyz", elem]は指定された要素をXYZファイルからインポートする.
  • Import["file.xyz", {elem, suba, subb, ...}]は子要素をインポートする.
  • Import["file.xyz", {{elem1, elem2, ...}}]は複数の要素をインポートする.
  • インポートの形式はImport["file", "XYZ"]あるいはImport["file", {"XYZ", elem, ...}]を使って指定することができる.
  • Export["file.xyz", expr, elem]expr が要素elem を指定するものとして扱って,XYZファイルを作成する.
  • Export["file.xyz", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}] はそれぞれの が対応する を指定するものとして扱う.
  • Export["file.xyz", expr, opt1->val1, ...]expr を指定された値を持つとされる指定されたオプション要素でエキスポートする.
  • Export["file.xyz", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"] は規則を使ってエキスポートされるべき要素を指定する.
  • ImportExportについての一般的な情報は,関数ページを参照のこと.
  • ImportStringExportStringはXYZ形式をサポートする.

要素要素

  • 一般的なImport要素:
  • "Elements"ファイル中の有効な要素とオプションのリスト
    "Rules"要素とオプションのそれぞれの規則の完全リスト
    "Options"オプション,属性,設定の規則のリスト
  • グラフィックス要素:
  • "Graphics3D"Graphics3Dオブジェクトとして描画されたXYZファイル
  • Import 要素をデフォルトでXYZ形式に使用する.
  • データ表現要素:
  • "VertexCoordinates"原子座標(通常ピコメーターで与えられる)
    "VertexTypes"分子を構成している原子あるいはグループすべて(通常,化学要素の省略形のリストで与えられる)
  • Export["file.xyz", {vert, coord}, {{"VertexTypes", "VertexCoordinates"}}] はXYZ模型を原子の型とその3D座標の指定から作成する.

オプションオプション

  • 一般的なImportオプション:
  • ImageSizeAutomatic表示するグラフィックス全体の大きさを指定する
    BackgroundWhite使用する背景色を指定する
    ViewPointAutomatic3D模型を見ることになる空間の点
  • デフォルト設定 "ViewPoint"->Automaticを使うと,Mathematica は自動的にインポートされた分子模型を見るのに最適な角度を計算する.
  • 3Dのレンダリングスタイルを選択する:
  • "Rendering""BallAndStick"可視化メソッドを指定する
  • で使用可能な設定には以下のものがある:
  • "BallAndStick"原子と結合を玉と棒を使った模型で表示する
    "Spacefilling"重なり合っている球体として表示された原子
    "Wireframe"線として描画された結合

例題例題すべて開くすべて閉じる

例 (1)例 (1)

XYZの例題ファイルを玉と棒を使った模型で描画してインポートする:

In[1]:=
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Out[1]=

同じ分子を空間充填原子として表示する:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

原子の型と原子座標を読み取る:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

このデータをXYZにエキスポートする:

In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=
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