XYZ (.xyz)

MIME 类型:chemical/x-xyz
XMOL 分子模型文件.
用于化学信息应用程序以及用于存储和交换三维分子模型的网页
纯文本表格格式.
表示一个简单的化合物.
存储原子坐标和元信息.
不存储化学键信息.
于1990年由 Minnesota Supercomputer Center(明尼苏达超级计算中心)开发.

Import 与 ExportImport 与 Export

  • Import["file.xyz"] 读取一个 XYZ 分子模型并给出一个可视化表示.
  • Export["file.xyz", expr] 把分子模型的参数导出至 XYZ 文件.
  • Import["file.xyz"] 返回一个 Graphics3D 对象.
  • Import["file.xyz", elem] 从一个 XYZ 文件中导入指定的参数.
  • Import["file.xyz", {elem, suba, subb, ...}] 导入一个子参数.
  • Import["file.xyz", {{elem1, elem2, ...}}] 导入多个参数.
  • 导入格式可以由 Import["file", "XYZ"]Import["file", {"XYZ", elem, ...}] 指定.
  • Export["file.xyz", expr, elem] 通过把 expr 作为指定参数 elem 创建一个 XYZ 文件.
  • Export["file.xyz", {expr1, expr2, ...}, {{elem1, elem2, ...}}] 把每一个 指定为相应的 .
  • Export["file.xyz", expr, opt1->val1, ...] 导出具有指定值的指定选项参数的 expr.
  • Export["file.xyz", {elem1->expr1, elem2->expr2, ...}, "Rules"] 使用规则指定要导出的参数.
  • ImportExport 的完整信息请见参考页.
  • ImportStringExportString 支持 XYZ 格式.

参数参数

  • Import 的通用参数:
  • "Elements" 该文件可用的参数和选项列表
    "Rules"每个参数和选项的完整规则列表
    "Options"选项、属性和设置的规则列表
  • 图形参数:
  • "Graphics3D"XYZ 文件被渲染为一个 Graphics3D 对象
  • 默认情况下,对于 XYZ 格式,Import 使用参数.
  • 表示数据的参数:
  • "VertexCoordinates"原子坐标,一般以皮米为单位
    "VertexTypes"构成分子的所有原子或基团,一般以化学元素缩写的列表形式表示
  • Export["file.xyz", {vert, coord}, {{"VertexTypes", "VertexCoordinates"}}] 从原子类型和它们的三维坐标规范中创建一个 XYZ 模型.

选项选项

  • Import 的通用选项:
  • ImageSizeAutomatic指定图形显示的整体尺寸
    BackgroundWhite指定使用何种背景颜色
    ViewPointAutomatic观看三维模型的空间点
  • 默认设置为 ViewPoint->AutomaticMathematica 自动计算导入分子模型的最优观察角度.
  • 选择一个三维渲染样式:
  • "Rendering""BallAndStick"指定可视化方法
  • 可能的设置为:
  • "BallAndStick"以球棍模型显示原子和化学键
    "Spacefilling"显示为重叠球的原子
    "Wireframe"以线渲染的化学键

范例范例打开所有单元关闭所有单元

基本范例 (1)基本范例 (1)

导入一个 XYZ 样本文件,并把其渲染为一个球棍模型:

In[1]:=
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Out[1]=

以空间填充的原子形式显示同样的分子:

In[2]:=
Click for copyable input
Out[2]=

读取原子类型和原子坐标:

In[3]:=
Click for copyable input
Out[3]=

把该数据导出至 XYZ:

In[4]:=
Click for copyable input
Out[4]=
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