MATHEMATICA 教程

引文管理

通过 Mathematica 的引用管理功能,你可以在用 Mathematica 撰写的论文中添加注解与参考文献. 这些功能是与文献引用的标准 BibTeX 格式以及 EndNote 一起工作的. 后者是由 Thomson Reuters 开发的一个功能强大的系统,它容许你从事在线研究并根据几千种不同的期刊自动编排引用格式.

使用 EndNote 进行引文管理

作为一款功能强大的行业标准的研究工具,EndNote 是用户能够应用 Mathematica 的引用管理功能进行研究、引用以及对笔记本进行加注的途径之一. 要在 Mathematica 中 用 EndNote 管理引文,用户必须安装并运行 EndNote.

创建用于论文撰写的参考文献库

EndNote 是一个由 Thomson Reuters 开发的科研工具. 应用 EndNote,用户可以通过自己手工输入数据建立一个参考文献库,也可以通过搜索各种网络资料库自动建立参考文献库. Mathematica 的 EndNote Link 建立与 EndNote 的接口,使得用户能够从 EndNote 数据库中,将参考文献插入一个正在撰写的 Mathematica 笔记本中.

根据各种出版物标准管理文献引用格式

EndNote 最强大的功能之一是它也包含一个庞大的数据库,覆盖超过3000种不同出版物的文献引用格式. 每一种刊物都有自己的文献引用格式标准. 通过应用 Mathematica 的 EndNote Link,用户可以根据一种出版物的格式撰写一个笔记本,然后很容易地转换引用格式以向其它出版物投送.

EndNote Link 与插件界面

EndNote 通过 Mathematica 的 EndNote Link 插件与 Mathematica 之间建立接口. 这是 Wolfram Research 开发的一个附加软件,它在你的计算机安装 Mathematica 时,安装进 EndNote 的插件目录中. 该插件在 EndNote 与 Mathematica 之间起连接作用. 如果 EndNote 在运行,插入 ► 引用 子菜单下的参考文献菜单条目将是激活的.

通过 EndNote 从事科研

本教程不打算介绍如何使用 EndNote. 用户需要参考 EndNote 的附带文件. 这里,用户只是以非常基本的方式,用它来查询在线参考文献.

打开 EndNote.

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从在线 PubMed 数据库中搜索含有名为 "Sherlock" 的作者的所有文章. 点击 Online Search 下的 PubMed. 在 Search 标签下第一个 Author Contains 后的栏目内键入 并按回车键.

这里,EndNote 在 PubMed 数据库中找到1406条记录.

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按回车键把它们全部收入到本地数据库.

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将参考文献引入 Mathematica

插入 ► 引用 ► 参考文献目录

如果 Mathematica 还没有运行,现将其打开. 作为示例,这里是一篇假想论文.

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Mathematica 中,将光标放在要插入引文的位置,然后选择 插入 ► 引用 ► 参考文献目录.

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Mathematica插入引用 对话框将弹出,它包含你的 EndNote 数据库中的所有参考文献. Mathematica 对这些参考文献进行复制并缓存,因此在以后再次打开该对话框时,速度会更快.

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这里显示的是 插入引用 对话框的不同组成部分.

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引用的筛选与排序

插入引用 对话框展示用户当前数据库中的所有参考文献. 但是,有时用户可能想缩小范围,只显示与某些给定的关键词相关的参考文献. 对此,用户可以利用 插入引用 对话框的筛选功能. 在对话框顶部的输入栏输入搜索词句,再摁按钮 查找. 对话框将仅显示包含该词句的参考文献. 同时,在所列的参考文献中,该词句会涂色醒示. 这里,只有包含 "bile" 的参考文献被显示了出来.

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您还可以根据作者、年和标题排序.

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插入与删除引用

插入单个引用

Mathematica 只在文本单元中支持引用管理功能. 要插入一个引文,须确认插入点处于文本单元之中,然后从文献列表中选择参考文献,再点击对话框的 插入. 引用将出现在正文中,而一个参考文献条目将在笔记本的结尾出现.

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引用及参考文献条目的格式由当前选定的引用格式确定. 默认的格式是用数字编号的,但如果用户用的是 EndNote,可以从超过3000种预定义的格式中选择. 例如,同样的引用在 Physical Review B 的格式中是这样的:

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引用的自动编号

如果你所用的引用格式包含数字编号,则每当你插入一个新的引用,编号就会被自动重新计算. 如果在两个已有的引用中间插入一个引用,它会在 Mathematica 重新计算序列中所有引用编号时重新编号. 在删除含有引用的文本时,引用编号不会重新计算. 这种情况下,要想重新调整引用编号,须选择 插入 ► 引用 菜单中的 重建文献目录和注解.

插入多个引用

在每多选一个参考文献时摁下 Ctrl 键,插入引用 对话框即允许用户一次选择多个参考文献. 如果选择了两个以上的参考文献,它们会根据当前所选引用格式的编组惯例自动编组. 此外,如果用户紧跟着一个已有的引用插入另一个引用,他们也会按当前格式的编组规则编组.

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刷新参考文献库

Mathematica 编辑一个笔记本的时候,你可能想回到 EndNote 或其它数据来源去做更多的调研,有时可能要变更参考文献数据库. 返回 Mathematica 后,新的参考文献并不出现在 插入引用 对话窗口内,除非你点击对话框右上角的刷新(Refresh按钮

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. 点击 Refresh 以后, Mathematica 内部缓存的参考文献被清除后再重建.

改变引用样式

若要改变整个笔记本的引用格式到不同的期刊或出版物,可在 引用 菜单中选择 设置/改变引用样式. 引用样式 对话框将弹出,它带有 EndNote (或 BibTeXLink)所支持的所有不同的引用格式.

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要设定一个新的引用格式,可在下拉菜单中选取相应的出版物,然后点击 OK. 引用和参考文献条目将依照新选的出版物采用新的格式.

注意,在默认状态下 EndNote 支持所有可用格式的子集. 这个较小的子集合更有用并且改善该对话框的性能. 如果用户想要安装所有格式,则要通过 EndNote 安装过程中的一个选项来完成. 如果用户安装了所有格式,则 引用样式 对话框的弹出要用几秒钟的时间,同时下拉菜单也将完全填满. 由于 Mathematica 缓存该列表,以后再打开该对话框时将会快一些.

BibTeX 参考文献的引用管理

选择一个 BibTeX 文件作为数据来源

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插入引用 对话框底部的数据来源下拉菜单中选择 BibTeX,一个对话框将弹出,要求用户选择 .bib 文件,作为参考文献数据库. 选择 .bib 文件,Mathematica 即下载该数据库. 一旦下载了数据库,参考文献就会出现在 插入引用 对话框内,用户便可如上面的例子那样插入参考文献.

用户可以使用来自几个不同 BibTeX 文件的参考文献. 如果你要的参考文献不在当前加载的 BibTeX 参考文献集中,Mathematica 将在重建参考文献目录时搜寻由 环境变量所指定的任何储存库.

注意,目前 Mathematica 不支持在同一个笔记本中同时使用 BibTeX 引用和 EndNote 引用.

高级话题:使用有 BibTeX 参考文献的期刊格式

对于 BibTeX 引用和参考文献目录,Mathematica 只支持一少部分事先定义的期刊格式,但是,用户可以修改这些格式,也可以根据研究需要添加新的自定义格式.

选项设置 中的 笔记本选项 Private Notebook Options BibTeXTemplates 是一个用来将引用和参考文献用户化的模板的列表. 每一个模板由一个为其命名的字符串定义,后面跟着另外两个字符串,分别储存了引用单元的定义和参考文献条目单元的定义. 每一个单元模板含有形式为 $TAGNAME$ 的标签,对应于 BibTeX 条目中的标签.

例如,这是一个 BibTeX 条目的示例.

@Misc{elliptic,
author = {Wolfram, Stephen},
title =     {Solving the Quintic with {M}athematica},
howpublished = {http://library.wolfram.com/examples/quintic/},
year =     1999
}

这里是 BibTeXTemplates 模板中的字符串,它定义参考文献单元的出现方式.

Cell[TextData[{"    $REFNUM$.    $AUTHOR$, ",
            StyleBox["$TITLE$", FontSlant->"Italic"],
            " $YEAR$. ",
            "$HOWPUBLISHED$"}],
            "$CELLSTYLE$",
            Editable->False,
            TaggingRules->{ReferenceData -> ""}]

这里是当该参考文献单元插入笔记本后所采用的格式.

    1.    Wolfram, Stephen, Solving the Quintic with Mathematica 1999. http://library.wolfram.com/examples/quintic/

另外的特殊标签,$REFNUM$ 和 $CELLSTYLE$, 不应被删除. 它们是 Mathematica 的引用格式化体系在模板处理成为一个单元插入笔记本时填入的.

标签与 BibTeX 条目不相对应的单元的定义不会被取代,而是保留它们的$TAGNAME$ 形式. 用户可以利用这一特性来解决参考文献格式与 BibTeX 条目的差异.

插入与编辑注解

插入注解

除了和 EndNote 或 BibTeX 一起使用外,Mathematica 也支持在文本单元中插入与参考文献数据库不相对应的原始注解. 对于这一工作模式,EndNote 或 BibTeXLink 并不需要运行,甚至不需要安装. 要插入一个注解,可在 插入 引用 菜单下选择 文献目录注解插入注解 对话框将弹出.

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该对话框的输入栏接受任何标准 Mathematica 输入,包括文本,图形及排版方程. 点击 插入 后,一个引用将被插入当前的文本插入点. 一个注解条目,如同一个参考文献条目一样,将会被插入到笔记本的末尾.

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编辑注解

要编辑一个注解,可选择该注解引用,再从 插入 引用 菜单中选择 编辑文献目录注解. 插入注解 对话框会重新弹出让用户去修改注解的内容.

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点击 插入 将更新笔记本以反应新的注解内容.

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